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Refactor Xenium + Visium paths and use better names

Offen
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Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
67
Forks
26
Ø Merge
4 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
1

Beschreibung

  • all the paths used in notebooks 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb and 02_xenium_and_visium.ipynb should be placed in a config.py file
  • sandbox.zarr was a poorly chosen name, rename it to manual_annotations.zarr. I have already made a copy in the S3 bucket of that file (so that now both sandbox.zarr.zip and manual_annotations.zarr.zip are present), so one needs just to adjust the notebooks.

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne mit den Pfaden in 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb und 02_xenium_and_visium.ipynb und prüfe anschließend, wie config.py sie enthalten sollte. Aktualisiere die Notebooks so, dass sie manual_annotations.zarr anstelle von sandbox.zarr verwenden, und verifiziere, dass alle Pfade zentralisiert sind und auf die umbenannte S3-Kopie verwiesen wird.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
jupyter-notebook, python
Bereich
documentation
Issue-Typ
Refactoring
Schwierigkeit
3/5
Geschätzter Aufwand
1-2 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Klar beschrieben
Anfängerfreundlichkeit
45/100

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