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Refactor Xenium + Visium paths and use better names

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Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
67
Forks
26
Merge medio
4 min
PR fusionados (30 d)
1

Descripción

  • all the paths used in notebooks 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb and 02_xenium_and_visium.ipynb should be placed in a config.py file
  • sandbox.zarr was a poorly chosen name, rename it to manual_annotations.zarr. I have already made a copy in the S3 bucket of that file (so that now both sandbox.zarr.zip and manual_annotations.zarr.zip are present), so one needs just to adjust the notebooks.

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Comienza con las rutas de 00_xenium_and_visium.ipynb, 01_xenium_and_visium.ipynb y 02_xenium_and_visium.ipynb; después, revisa cómo debería contenerlas config.py. Actualiza los notebooks para que usen manual_annotations.zarr en lugar de sandbox.zarr y verifica que todas las rutas estén centralizadas y que se haga referencia a la copia de S3 renombrada.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
jupyter-notebook, python
Área
documentation
Tipo de issue
Refactorización
Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Bien especificado
Aptitud para principiantes
45/100

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