scverse / scverse/spatialdata-tutorials

Notebook on 3D data and on images from multiple imaging cycles

Đang mở
#23 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
67
Fork
26
Merge trung bình
4 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Mô tả

Two related concepts that would be nice to show, and show in the same notebook (from a discussion with @lopollar and @melonora).

Sometimes the user has a large 3D image and wants to operate on a 2D slice (or use a 2D max projection), and sometime the users have many two images and want to stack them together in a 3D image, or in a 2D multichannel image (the stacking is not just a "numpy array stacking", but it could involve rotations, etc and requires re-rasterization and cropping).

After the new transformations refactoring and the merge of the stitch notebook this will be supported and it would be nice to show this to the user, together with a napari viz of the 2D layers embedded in the 3D space.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Trước tiên, hãy xem xét việc refactoring các phép biến đổi mới và notebook stitch đã được merge. Xây dựng một notebook bao quát các lát cắt 2D hoặc phép chiếu cực đại từ các ảnh 3D lớn, việc xếp chồng ảnh từ nhiều chu kỳ với xoay, rasterize lại và crop, cũng như việc trực quan hóa các lớp 2D trong 3D bằng napari. Được xem là hoàn thành khi cả hai workflow liên quan được minh họa cùng nhau.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
jupyter-notebook, numpy
Lĩnh vực
computer-vision, data-visualization, documentation
Loại issue
Tài liệu
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.