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Notebook on 3D data and on images from multiple imaging cycles

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Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
67
Forks
26
Merge moyen
4 min
PR mergées (30 j)
1

Description

Two related concepts that would be nice to show, and show in the same notebook (from a discussion with @lopollar and @melonora).

Sometimes the user has a large 3D image and wants to operate on a 2D slice (or use a 2D max projection), and sometime the users have many two images and want to stack them together in a 3D image, or in a 2D multichannel image (the stacking is not just a "numpy array stacking", but it could involve rotations, etc and requires re-rasterization and cropping).

After the new transformations refactoring and the merge of the stitch notebook this will be supported and it would be nice to show this to the user, together with a napari viz of the 2D layers embedded in the 3D space.

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Piste de recherche

Examinez d’abord le refactoring des nouvelles transformations et le notebook stitch fusionné. Créez un notebook couvrant les coupes 2D ou les projections maximales à partir de grandes images 3D, l’empilement d’images provenant de plusieurs cycles avec rotation, rerasterisation et recadrage, ainsi que la visualisation de couches 2D en 3D avec napari. La tâche est considérée comme terminée lorsque les deux workflows associés sont démontrés ensemble.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
jupyter-notebook, numpy
Domaine
computer-vision, data-visualization, documentation
Type d'issue
Documentation
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
35/100

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