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Notebook on 3D data and on images from multiple imaging cycles

Offen
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Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
67
Forks
26
Ø Merge
4 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
1

Beschreibung

Two related concepts that would be nice to show, and show in the same notebook (from a discussion with @lopollar and @melonora).

Sometimes the user has a large 3D image and wants to operate on a 2D slice (or use a 2D max projection), and sometime the users have many two images and want to stack them together in a 3D image, or in a 2D multichannel image (the stacking is not just a "numpy array stacking", but it could involve rotations, etc and requires re-rasterization and cropping).

After the new transformations refactoring and the merge of the stitch notebook this will be supported and it would be nice to show this to the user, together with a napari viz of the 2D layers embedded in the 3D space.

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Überprüfe zuerst das Refactoring der neuen Transformationen und das zusammengeführte stitch-Notebook. Erstelle ein Notebook, das 2D-Slices oder Maximalprojektionen aus großen 3D-Bildern, das Stapeln von Bildern aus mehreren Zyklen mit Rotation, Raster-Neuerstellung und Zuschneiden sowie die Visualisierung von 2D-Ebenen in 3D mit napari abdeckt. Als erledigt gilt die Aufgabe, wenn beide zusammengehörigen Workflows gemeinsam demonstriert werden.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
jupyter-notebook, numpy
Bereich
computer-vision, data-visualization, documentation
Issue-Typ
Dokumentation
Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
35/100

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