scverse / scverse/spatialdata-tutorials

Notebook on 3D data and on images from multiple imaging cycles

未关闭
#23 2 条评论 0 个 reaction 已指派 0 人 在 GitHub 查看

还没有人认领这个 Issue。

主要语言
Jupyter Notebook
星标
67
派生
26
平均合并
4 分钟
30 天内合并 PR
1

描述

Two related concepts that would be nice to show, and show in the same notebook (from a discussion with @lopollar and @melonora).

Sometimes the user has a large 3D image and wants to operate on a 2D slice (or use a 2D max projection), and sometime the users have many two images and want to stack them together in a 3D image, or in a 2D multichannel image (the stacking is not just a "numpy array stacking", but it could involve rotations, etc and requires re-rasterization and cropping).

After the new transformations refactoring and the merge of the stitch notebook this will be supported and it would be nice to show this to the user, together with a napari viz of the 2D layers embedded in the 3D space.

贡献指南

这个仓库没有索引到贡献指南

从这里开始

  1. 先读完整个 Issue,再读项目的贡献指南。
  2. 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
  3. Fork 仓库,在一个分支上完成修改。
  4. 提交 Pull Request,并在描述里引用这个 Issue 编号。

调研方向

首先检查新的变换重构和已合并的 stitch notebook。构建一个 notebook,涵盖从大型 3D 图像生成 2D 切片或最大投影、对多个循环中的图像进行旋转、重新栅格化和裁剪后堆叠,以及使用 napari 将 2D 层可视化为 3D。完成的标准是将两个相关的工作流一并演示出来。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

评估

技术栈
jupyter-notebook, numpy
领域
computer-vision, data-visualization, documentation
Issue 类型
文档
难度
4/5
预计耗时
3-5 天
活跃度
停滞
描述清晰度
基本清楚
新手友好度
35/100

把新 issue 发到你的邮箱

精选适合新手参与的 GitHub issue 摘要。