scverse / scverse/spatialdata-plot
Reproduce Napari visualizations
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 86
- Fork
- 21
- Merge trung bình
- 14 giờ 50 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 3
Mô tả
I would like to generate static images files from NGFF/SpatialData datasets and presets stored in their NGFF Omero metadata, so that one can preview datasets without opening them interactively in Napari.
This combines the idea that SpatialData's data model resembles Napari's, and that datasets can store visualization presets for a reasonable default visualization.
For this, we still need some basic rendering properties:
blending:additive|opaque…
Typically, images contain multiple channel, and their visualization is different depending on the microscopy illumination type. Several fluorescence channels can be visualized in a single image by additive blending. However, currently spatialdata-plot "overwrites" pixels of channels underneath.color:
Napari allows to provide a color name for maximum intensity values and generates a corresponding color map.contrast_limits(Napari) orwindow(Omero):
Typically, the value range of images can differ greatly, and in order to avoid reading all pixels to compute limits, Omero stores absolute limits in the metadata. However, spatialdata-plot currently supports only Matplotlib's relative limitspmin/pmax(asquantiles_for_norm).
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng việc xem xét đường dẫn kết xuất hiện có của spatialdata-plot và siêu dữ liệu NGFF Omero được mô tả trong issue. Xác định cách các preset trực quan hóa hiện được đọc, sau đó định nghĩa các kiểm tra nghiệm thu cho blending cộng hoặc đục, màu theo kiểu Napari và các giới hạn hoặc cửa sổ tương phản tuyệt đối. Hoàn tất khi các bản xem trước tĩnh tái hiện các thuộc tính preset được yêu cầu mà không mở Napari ở chế độ tương tác.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- data-visualization
- Loại issue
- Tính năng
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức phù hợp với người mới
- 30/100