scverse / scverse/spatialdata-plot

Reproduce Napari visualizations

Ouverte
#189 3 commentaires 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

Personne n'a encore pris cette issue.

enhancement
Langage dominant
Python
Étoiles
86
Forks
21
Merge moyen
14 h 50 min
PR mergées (30 j)
3

Description

I would like to generate static images files from NGFF/SpatialData datasets and presets stored in their NGFF Omero metadata, so that one can preview datasets without opening them interactively in Napari.

This combines the idea that SpatialData's data model resembles Napari's, and that datasets can store visualization presets for a reasonable default visualization.

For this, we still need some basic rendering properties:

  • blending: additive | opaque
    Typically, images contain multiple channel, and their visualization is different depending on the microscopy illumination type. Several fluorescence channels can be visualized in a single image by additive blending. However, currently spatialdata-plot "overwrites" pixels of channels underneath.
  • color:
    Napari allows to provide a color name for maximum intensity values and generates a corresponding color map.
  • contrast_limits (Napari) or window (Omero):
    Typically, the value range of images can differ greatly, and in order to avoid reading all pixels to compute limits, Omero stores absolute limits in the metadata. However, spatialdata-plot currently supports only Matplotlib's relative limits pmin/pmax (as quantiles_for_norm).

Guide de contribution

Ouvrir le guide de contribution

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Piste de recherche

Commencez par examiner le chemin de rendu existant de spatialdata-plot et les métadonnées NGFF Omero décrites dans l’issue. Déterminez comment les préréglages de visualisation sont actuellement lus, puis définissez des vérifications d’acceptation pour le mélange additif ou opaque, les couleurs de style Napari et les limites ou fenêtres de contraste absolues. Le travail est considéré comme terminé lorsque les aperçus statiques reproduisent les propriétés demandées du préréglage sans ouvrir Napari de manière interactive.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
python
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Fonctionnalité
Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Activité
À l'abandon
Clarté
À clarifier
Accessibilité débutants
30/100

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.