scverse / scverse/spatialdata-plot

Reproduce Napari visualizations

Aperta
#189 3 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

Nessuno ha ancora preso questa issue.

enhancement
Lingua principale
Python
Stelle
86
Fork
21
Merge medio
14h 50m
PR unite (30g)
3

Descrizione

I would like to generate static images files from NGFF/SpatialData datasets and presets stored in their NGFF Omero metadata, so that one can preview datasets without opening them interactively in Napari.

This combines the idea that SpatialData's data model resembles Napari's, and that datasets can store visualization presets for a reasonable default visualization.

For this, we still need some basic rendering properties:

  • blending: additive | opaque
    Typically, images contain multiple channel, and their visualization is different depending on the microscopy illumination type. Several fluorescence channels can be visualized in a single image by additive blending. However, currently spatialdata-plot "overwrites" pixels of channels underneath.
  • color:
    Napari allows to provide a color name for maximum intensity values and generates a corresponding color map.
  • contrast_limits (Napari) or window (Omero):
    Typically, the value range of images can differ greatly, and in order to avoid reading all pixels to compute limits, Omero stores absolute limits in the metadata. However, spatialdata-plot currently supports only Matplotlib's relative limits pmin/pmax (as quantiles_for_norm).

Guida per i contributori

Apri la guida per i contributori

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia esaminando il percorso di rendering esistente di spatialdata-plot e i metadati NGFF Omero descritti nell’issue. Determina come vengono letti attualmente i preset di visualizzazione, quindi definisci verifiche di accettazione per il blending additivo o opaco, i colori in stile Napari e i limiti o le finestre di contrasto assoluti. Il lavoro è completo quando le anteprime statiche riproducono le proprietà richieste del preset senza aprire Napari in modo interattivo.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python
Ambito
data-visualization
Tipo di issue
Funzionalità
Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
30/100

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.