scverse / scverse/spatialdata-plot

Reproduce Napari visualizations

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enhancement
主要言語
Python
スター
86
フォーク
21
平均マージ
14時間 50分
マージ済み PR(30日)
3

説明

I would like to generate static images files from NGFF/SpatialData datasets and presets stored in their NGFF Omero metadata, so that one can preview datasets without opening them interactively in Napari.

This combines the idea that SpatialData's data model resembles Napari's, and that datasets can store visualization presets for a reasonable default visualization.

For this, we still need some basic rendering properties:

  • blending: additive | opaque
    Typically, images contain multiple channel, and their visualization is different depending on the microscopy illumination type. Several fluorescence channels can be visualized in a single image by additive blending. However, currently spatialdata-plot "overwrites" pixels of channels underneath.
  • color:
    Napari allows to provide a color name for maximum intensity values and generates a corresponding color map.
  • contrast_limits (Napari) or window (Omero):
    Typically, the value range of images can differ greatly, and in order to avoid reading all pixels to compute limits, Omero stores absolute limits in the metadata. However, spatialdata-plot currently supports only Matplotlib's relative limits pmin/pmax (as quantiles_for_norm).

コントリビューションガイド

コントリビューションガイドを開く

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

まず、既存の spatialdata-plot のレンダリングパスと、issue に記載されている NGFF Omero メタデータを確認します。現在、可視化プリセットがどのように読み込まれているかを特定し、加算または不透明ブレンディング、Napari スタイルの色、絶対コントラストの制限値またはウィンドウに対する受け入れ確認項目を定義します。静的プレビューで要求されたプリセットのプロパティを、Napari をインタラクティブに開かずに再現できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
data-visualization
issue の種類
機能追加
難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
活発さ
停滞
明瞭さ
説明が足りない
初心者へのやさしさ
30/100

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