Plotly graphs in jupyter notebooks re-render entire page html
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- R
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説明
When attempting to run the first graph in the getting started documents, after following the steps here, the entire page html is output ontop of the graph like in the screenshot below. This occurs for all other graphs I've tried as well.
library(plotly)
fig <- plot_ly(midwest, x = ~percollege, color = ~state, type = "box")
fig

Steps to Reproduce:
- pull the
jupyter/r-notebookdocker image from here with the commanddocker pull jupyter/r-notebook
a. This allows you to skip the "add r-kernel" steps because the R kernel is included with the r-notebook. Specifically these two lines can be skipped:
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()
Alternatively, start with the jupyter/minimal-notebook and do the steps to add the R kernel.
- Run the docker image with
docker run -p '8888:8888' -e JUPYTER_ENABLE_LAB=yes jupyter/r-notebook - Open an R console and run
install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'pbdZMQ', 'devtools'))from the setup steps - Install pandoc - get to the container bash as root user. First get the container ID with
docker psthen use the ID you see there indocker exec -u root -ti <container id> bash. Runapt updatethenapt install pandoc.
a. Open the notebook from the link that step 2 output and you can verify pandoc is installed in/usr/bin/pandocby opening a terminal and navigating to the/usr/bindirectory. - Install plotly - either use the R console or the terminal. Personally, I used the terminal and ran
conda install r-plotly. I attempted with both the latest version and also withv4.9.2.2. Both showed the issue. - Once that's all setup, open an R-kernel notebook and attempt to create any plotly graph. It will initially load the graph correctly, then a few seconds later, you will see the issue from the screenshot above.
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
リンク先の R-in-Jupyter の Getting started 手順から始め、R-kernel ノートブックを使用して jupyter/r-notebook Docker コンテナ内で例を再現します。初期のグラフ描画を、issue に記載されている後の出力と比較します。Plotly グラフが、ページ全体の HTML をグラフに追加せずに描画されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- docker, jupyter-notebook, r
- 領域
- data-visualization
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 初心者へのやさしさ
- 25/100