plotly / plotly/plotly.R

Plotly graphs in jupyter notebooks re-render entire page html

Ouverte
#1,950 0 commentaires 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

Personne n'a encore pris cette issue.

Langage dominant
R
Étoiles
2.7k
Forks
641
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

When attempting to run the first graph in the getting started documents, after following the steps here, the entire page html is output ontop of the graph like in the screenshot below. This occurs for all other graphs I've tried as well.

library(plotly)
fig <- plot_ly(midwest, x = ~percollege, color = ~state, type = "box")
fig

image


Steps to Reproduce:

  1. pull the jupyter/r-notebook docker image from here with the command docker pull jupyter/r-notebook
    a. This allows you to skip the "add r-kernel" steps because the R kernel is included with the r-notebook. Specifically these two lines can be skipped:
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()

Alternatively, start with the jupyter/minimal-notebook and do the steps to add the R kernel.

  1. Run the docker image with docker run -p '8888:8888' -e JUPYTER_ENABLE_LAB=yes jupyter/r-notebook
  2. Open an R console and run install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'pbdZMQ', 'devtools')) from the setup steps
  3. Install pandoc - get to the container bash as root user. First get the container ID with docker ps then use the ID you see there in docker exec -u root -ti <container id> bash. Run apt update then apt install pandoc.
    a. Open the notebook from the link that step 2 output and you can verify pandoc is installed in /usr/bin/pandoc by opening a terminal and navigating to the /usr/bin directory.
  4. Install plotly - either use the R console or the terminal. Personally, I used the terminal and ran conda install r-plotly. I attempted with both the latest version and also with v4.9.2.2. Both showed the issue.
  5. Once that's all setup, open an R-kernel notebook and attempt to create any plotly graph. It will initially load the graph correctly, then a few seconds later, you will see the issue from the screenshot above.

Guide de contribution

Ouvrir le guide de contribution

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Piste de recherche

Commencez par les instructions liées de Getting started pour R-in-Jupyter et reproduisez l’exemple dans un conteneur Docker jupyter/r-notebook avec un notebook utilisant R-kernel. Comparez le rendu graphique initial avec la sortie ultérieure décrite dans l’issue ; c’est terminé lorsque les graphiques Plotly sont rendus sans ajouter l’intégralité du HTML de la page au graphique.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
docker, jupyter-notebook, r
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
À clarifier
Accessibilité débutants
25/100

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.