Plotly graphs in jupyter notebooks re-render entire page html
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- Lingua principale
- R
- Stelle
- 2.7k
- Fork
- 641
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
When attempting to run the first graph in the getting started documents, after following the steps here, the entire page html is output ontop of the graph like in the screenshot below. This occurs for all other graphs I've tried as well.
library(plotly)
fig <- plot_ly(midwest, x = ~percollege, color = ~state, type = "box")
fig

Steps to Reproduce:
- pull the
jupyter/r-notebookdocker image from here with the commanddocker pull jupyter/r-notebook
a. This allows you to skip the "add r-kernel" steps because the R kernel is included with the r-notebook. Specifically these two lines can be skipped:
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()
Alternatively, start with the jupyter/minimal-notebook and do the steps to add the R kernel.
- Run the docker image with
docker run -p '8888:8888' -e JUPYTER_ENABLE_LAB=yes jupyter/r-notebook - Open an R console and run
install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'pbdZMQ', 'devtools'))from the setup steps - Install pandoc - get to the container bash as root user. First get the container ID with
docker psthen use the ID you see there indocker exec -u root -ti <container id> bash. Runapt updatethenapt install pandoc.
a. Open the notebook from the link that step 2 output and you can verify pandoc is installed in/usr/bin/pandocby opening a terminal and navigating to the/usr/bindirectory. - Install plotly - either use the R console or the terminal. Personally, I used the terminal and ran
conda install r-plotly. I attempted with both the latest version and also withv4.9.2.2. Both showed the issue. - Once that's all setup, open an R-kernel notebook and attempt to create any plotly graph. It will initially load the graph correctly, then a few seconds later, you will see the issue from the screenshot above.
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Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia con le istruzioni collegate di Getting started per R-in-Jupyter e riproduci l’esempio in un container Docker jupyter/r-notebook usando un notebook con R-kernel. Confronta il rendering iniziale del grafico con l’output successivo descritto nell’issue; il lavoro è completato quando i grafici Plotly vengono renderizzati senza aggiungere l’intero HTML della pagina al grafico.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- docker, jupyter-notebook, r
- Ambito
- data-visualization
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Da chiarire
- Idoneità per principianti
- 25/100