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Plotly graphs in jupyter notebooks re-render entire page html

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Linguagem predominante
R
Estrelas
2.7k
Forks
641
Métricas de merge de PRs
Nenhum PR com merge em 30d

Descrição

When attempting to run the first graph in the getting started documents, after following the steps here, the entire page html is output ontop of the graph like in the screenshot below. This occurs for all other graphs I've tried as well.

library(plotly)
fig <- plot_ly(midwest, x = ~percollege, color = ~state, type = "box")
fig

image


Steps to Reproduce:

  1. pull the jupyter/r-notebook docker image from here with the command docker pull jupyter/r-notebook
    a. This allows you to skip the "add r-kernel" steps because the R kernel is included with the r-notebook. Specifically these two lines can be skipped:
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()

Alternatively, start with the jupyter/minimal-notebook and do the steps to add the R kernel.

  1. Run the docker image with docker run -p '8888:8888' -e JUPYTER_ENABLE_LAB=yes jupyter/r-notebook
  2. Open an R console and run install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'pbdZMQ', 'devtools')) from the setup steps
  3. Install pandoc - get to the container bash as root user. First get the container ID with docker ps then use the ID you see there in docker exec -u root -ti <container id> bash. Run apt update then apt install pandoc.
    a. Open the notebook from the link that step 2 output and you can verify pandoc is installed in /usr/bin/pandoc by opening a terminal and navigating to the /usr/bin directory.
  4. Install plotly - either use the R console or the terminal. Personally, I used the terminal and ran conda install r-plotly. I attempted with both the latest version and also with v4.9.2.2. Both showed the issue.
  5. Once that's all setup, open an R-kernel notebook and attempt to create any plotly graph. It will initially load the graph correctly, then a few seconds later, you will see the issue from the screenshot above.

Guia de contribuição

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Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

Direção de pesquisa

Comece pelas instruções vinculadas de Getting started do R-in-Jupyter e reproduza o exemplo em um contêiner Docker jupyter/r-notebook usando um notebook com R-kernel. Compare a renderização inicial do gráfico com a saída posterior descrita na issue; considera-se concluído quando os gráficos Plotly são renderizados sem anexar todo o HTML da página ao gráfico.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Avaliação

Stack de tecnologia
docker, jupyter-notebook, r
Domínio
data-visualization
Tipo de issue
Bug
Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Status de atividade
Estagnada
Clareza
Precisa de esclarecimento
Facilidade para iniciantes
25/100

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