navinlabcode/CellTrek

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Forks: 23
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 28

Vorherrschende Sprache: R
Lizenz: Keine Lizenzdaten
Letzter GitHub-Push: 23.8.2026
Zuletzt indexiert: 19.9.2026
Beitragsleitfaden: Kein Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: Keine Anfänger-Labels indexiert
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Bisher 28 offene Issues indexiert

CellTrek on other spatial data, like cosmx SMI data or stereo-seq data. Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#46 · Erstellt am 29.5.2025
Single cell data and spatial data matching requirement Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#44 · Erstellt am 03.12.2024
Using Celltrek on non-matching data ST and SC data. Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#42 · Erstellt am 27.5.2024
[Question] Is it possible to superimpose a network on spatial image? Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#41 · Erstellt am 16.5.2024
Error: package or namespace load failed for ‘CellTrek’ Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#40 · Erstellt am 26.3.2024
Error in rownames(st_data[[st_assay]]@data) : no slot of name "data" for this object of class "Assay5", Possible Seurat v5.0 error Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#39 · 8 Kommentare · Erstellt am 28.12.2023
ERROR Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#38 · 1 Kommentar · Erstellt am 16.12.2023
celltrek_vis Error Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#37 · Erstellt am 13.12.2023
Errors in CellTrek::traint on example data from README Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

navinlabcode/CellTrek#36 · 4 Kommentare · Erstellt am 03.11.2023
Customized Plot Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#34 · Erstellt am 22.9.2023
Normalization methods Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

navinlabcode/CellTrek#33 · 1 Reaktion · Erstellt am 21.9.2023
Request for cell type annotation of mouse kidney and DCIS1 datasets Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#32 · Erstellt am 21.9.2023
Dealing with spatial data with merged samples Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

navinlabcode/CellTrek#31 · Erstellt am 26.7.2023
Celltrek output to spot and cell mapping Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#30 · Erstellt am 05.7.2023
"Celltrek"_Simualtion dataset Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

navinlabcode/CellTrek#29 · Erstellt am 15.5.2023
lack of single-cell transcriptome data from the same patient Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#28 · 1 Kommentar · Erstellt am 06.5.2023
keep raw data in celltrek object Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

navinlabcode/CellTrek#25 · 1 Kommentar · Erstellt am 13.10.2022
celltrek_vis error Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

navinlabcode/CellTrek#24 · 1 Kommentar · Erstellt am 12.10.2022
Error while running CellTrek:celltrek function Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#23 · 1 Kommentar · Erstellt am 04.10.2022
Error: 'DT_boot_mst' is not an exported object from 'namespace:CellTrek' Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

navinlabcode/CellTrek#22 · Erstellt am 17.9.2022
Assigning all single cells Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#21 · 1 Kommentar · Erstellt am 28.8.2022
clarification on overall method Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#20 · 2 Kommentare · Erstellt am 12.8.2022
Error: invalid character indexing Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#19 · 1 Kommentar · Erstellt am 02.8.2022
Question about Supplementary Figure 7e Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#16 · 1 Kommentar · Erstellt am 05.7.2022
How to keep all the metadata from the seurat traint object after running CellTrek::celltrek() Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

navinlabcode/CellTrek#15 · 1 Kommentar · Erstellt am 01.7.2022
Visualization and error in celltrek_vis Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#14 · 3 Kommentare · Erstellt am 09.6.2022
Some cells are missing from output Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#13 · 4 Kommentare · Erstellt am 24.5.2022
Coembedding shows batch effect Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

navinlabcode/CellTrek#12 · 4 Kommentare · Erstellt am 16.5.2022

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