navinlabcode

CellTrek on other spatial data, like cosmx SMI data or stereo-seq data. Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#46 · Erstellt am 29.5.2025

Single cell data and spatial data matching requirement Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#44 · Erstellt am 03.12.2024

Using Celltrek on non-matching data ST and SC data. Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#42 · Erstellt am 27.5.2024

[Question] Is it possible to superimpose a network on spatial image? Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#41 · Erstellt am 16.5.2024

Error: package or namespace load failed for ‘CellTrek’ Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#40 · Erstellt am 26.3.2024

Error in rownames(st_data[[st_assay]]@data) : no slot of name "data" for this object of class "Assay5", Possible Seurat v5.0 error Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#39 · 8 Kommentare · Erstellt am 28.12.2023

ERROR Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#38 · 1 Kommentar · Erstellt am 16.12.2023

celltrek_vis Error Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#37 · Erstellt am 13.12.2023

Errors in CellTrek::traint on example data from README Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

navinlabcode/CellTrek#36 · 4 Kommentare · Erstellt am 03.11.2023

Customized Plot Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#34 · Erstellt am 22.9.2023

Normalization methods Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

navinlabcode/CellTrek#33 · 1 Reaktion · Erstellt am 21.9.2023

Request for cell type annotation of mouse kidney and DCIS1 datasets Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#32 · Erstellt am 21.9.2023

Dealing with spatial data with merged samples Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

navinlabcode/CellTrek#31 · Erstellt am 26.7.2023

Celltrek output to spot and cell mapping Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#30 · Erstellt am 05.7.2023

"Celltrek"_Simualtion dataset Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

navinlabcode/CellTrek#29 · Erstellt am 15.5.2023

lack of single-cell transcriptome data from the same patient Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

navinlabcode/CellTrek#28 · 1 Kommentar · Erstellt am 06.5.2023

keep raw data in celltrek object Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

navinlabcode/CellTrek#25 · 1 Kommentar · Erstellt am 13.10.2022

celltrek_vis error Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

navinlabcode/CellTrek#24 · 1 Kommentar · Erstellt am 12.10.2022

Error while running CellTrek:celltrek function Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#23 · 1 Kommentar · Erstellt am 04.10.2022

Error: 'DT_boot_mst' is not an exported object from 'namespace:CellTrek' Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

navinlabcode/CellTrek#22 · Erstellt am 17.9.2022

Assigning all single cells Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#21 · 1 Kommentar · Erstellt am 28.8.2022

clarification on overall method Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#20 · 2 Kommentare · Erstellt am 12.8.2022

Error: invalid character indexing Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#19 · 1 Kommentar · Erstellt am 02.8.2022

Question about Supplementary Figure 7e Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#16 · 1 Kommentar · Erstellt am 05.7.2022

How to keep all the metadata from the seurat traint object after running CellTrek::celltrek() Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

navinlabcode/CellTrek#15 · 1 Kommentar · Erstellt am 01.7.2022

Visualization and error in celltrek_vis Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#14 · 3 Kommentare · Erstellt am 09.6.2022

Some cells are missing from output Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

navinlabcode/CellTrek#13 · 4 Kommentare · Erstellt am 24.5.2022

Coembedding shows batch effect Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

navinlabcode/CellTrek#12 · 4 Kommentare · Erstellt am 16.5.2022

Neue Issues direkt in Ihr Postfach