navinlabcode

CellTrek on other spatial data, like cosmx SMI data or stereo-seq data. Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#46 · Ouverte le 29/5/2025

Single cell data and spatial data matching requirement Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 20/100

navinlabcode/CellTrek#44 · Ouverte le 3/12/2024

Using Celltrek on non-matching data ST and SC data. Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#42 · Ouverte le 27/5/2024

[Question] Is it possible to superimpose a network on spatial image? Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

navinlabcode/CellTrek#41 · Ouverte le 16/5/2024

Error: package or namespace load failed for ‘CellTrek’ Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#40 · Ouverte le 26/3/2024

Error in rownames(st_data[[st_assay]]@data) : no slot of name "data" for this object of class "Assay5", Possible Seurat v5.0 error Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#39 · 8 commentaires · Ouverte le 28/12/2023

ERROR Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#38 · 1 commentaire · Ouverte le 16/12/2023

celltrek_vis Error Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#37 · Ouverte le 13/12/2023

Errors in CellTrek::traint on example data from README Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

navinlabcode/CellTrek#36 · 4 commentaires · Ouverte le 3/11/2023

Customized Plot Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

navinlabcode/CellTrek#34 · Ouverte le 22/9/2023

Normalization methods Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

navinlabcode/CellTrek#33 · 1 réaction · Ouverte le 21/9/2023

Request for cell type annotation of mouse kidney and DCIS1 datasets Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#32 · Ouverte le 21/9/2023

Dealing with spatial data with merged samples Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

navinlabcode/CellTrek#31 · Ouverte le 26/7/2023

Celltrek output to spot and cell mapping Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 20/100

navinlabcode/CellTrek#30 · Ouverte le 5/7/2023

"Celltrek"_Simualtion dataset Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

navinlabcode/CellTrek#29 · Ouverte le 15/5/2023

lack of single-cell transcriptome data from the same patient Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

navinlabcode/CellTrek#28 · 1 commentaire · Ouverte le 6/5/2023

keep raw data in celltrek object Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

navinlabcode/CellTrek#25 · 1 commentaire · Ouverte le 13/10/2022

celltrek_vis error Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

navinlabcode/CellTrek#24 · 1 commentaire · Ouverte le 12/10/2022

Error while running CellTrek:celltrek function Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#23 · 1 commentaire · Ouverte le 4/10/2022

Error: 'DT_boot_mst' is not an exported object from 'namespace:CellTrek' Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 30/100

navinlabcode/CellTrek#22 · Ouverte le 17/9/2022

Assigning all single cells Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#21 · 1 commentaire · Ouverte le 28/8/2022

clarification on overall method Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#20 · 2 commentaires · Ouverte le 12/8/2022

Error: invalid character indexing Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#19 · 1 commentaire · Ouverte le 2/8/2022

Question about Supplementary Figure 7e Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#16 · 1 commentaire · Ouverte le 5/7/2022

How to keep all the metadata from the seurat traint object after running CellTrek::celltrek() Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

navinlabcode/CellTrek#15 · 1 commentaire · Ouverte le 1/7/2022

Visualization and error in celltrek_vis Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#14 · 3 commentaires · Ouverte le 9/6/2022

Some cells are missing from output Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

navinlabcode/CellTrek#13 · 4 commentaires · Ouverte le 24/5/2022

Coembedding shows batch effect Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

navinlabcode/CellTrek#12 · 4 commentaires · Ouverte le 16/5/2022

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