navinlabcode/CellTrek

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28 issues abiertos indexados

CellTrek on other spatial data, like cosmx SMI data or stereo-seq data. Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#46 · Abierto el 29/5/2025
Single cell data and spatial data matching requirement Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

navinlabcode/CellTrek#44 · Abierto el 3/12/2024
Using Celltrek on non-matching data ST and SC data. Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#42 · Abierto el 27/5/2024
[Question] Is it possible to superimpose a network on spatial image? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

navinlabcode/CellTrek#41 · Abierto el 16/5/2024
Error: package or namespace load failed for ‘CellTrek’ Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#40 · Abierto el 26/3/2024
Error in rownames(st_data[[st_assay]]@data) : no slot of name "data" for this object of class "Assay5", Possible Seurat v5.0 error Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#39 · 8 comentarios · Abierto el 28/12/2023
ERROR Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#38 · 1 comentario · Abierto el 16/12/2023
celltrek_vis Error Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#37 · Abierto el 13/12/2023
Errors in CellTrek::traint on example data from README Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

navinlabcode/CellTrek#36 · 4 comentarios · Abierto el 3/11/2023
Customized Plot Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

navinlabcode/CellTrek#34 · Abierto el 22/9/2023
Normalization methods Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

navinlabcode/CellTrek#33 · 1 reacción · Abierto el 21/9/2023
Request for cell type annotation of mouse kidney and DCIS1 datasets Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#32 · Abierto el 21/9/2023
Dealing with spatial data with merged samples Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

navinlabcode/CellTrek#31 · Abierto el 26/7/2023
Celltrek output to spot and cell mapping Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

navinlabcode/CellTrek#30 · Abierto el 5/7/2023
"Celltrek"_Simualtion dataset Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

navinlabcode/CellTrek#29 · Abierto el 15/5/2023
lack of single-cell transcriptome data from the same patient Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

navinlabcode/CellTrek#28 · 1 comentario · Abierto el 6/5/2023
keep raw data in celltrek object Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

navinlabcode/CellTrek#25 · 1 comentario · Abierto el 13/10/2022
celltrek_vis error Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

navinlabcode/CellTrek#24 · 1 comentario · Abierto el 12/10/2022
Error while running CellTrek:celltrek function Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#23 · 1 comentario · Abierto el 4/10/2022
Error: 'DT_boot_mst' is not an exported object from 'namespace:CellTrek' Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

navinlabcode/CellTrek#22 · Abierto el 17/9/2022
Assigning all single cells Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#21 · 1 comentario · Abierto el 28/8/2022
clarification on overall method Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#20 · 2 comentarios · Abierto el 12/8/2022
Error: invalid character indexing Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#19 · 1 comentario · Abierto el 2/8/2022
Question about Supplementary Figure 7e Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#16 · 1 comentario · Abierto el 5/7/2022
How to keep all the metadata from the seurat traint object after running CellTrek::celltrek() Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

navinlabcode/CellTrek#15 · 1 comentario · Abierto el 1/7/2022
Visualization and error in celltrek_vis Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#14 · 3 comentarios · Abierto el 9/6/2022
Some cells are missing from output Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

navinlabcode/CellTrek#13 · 4 comentarios · Abierto el 24/5/2022
Coembedding shows batch effect Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

navinlabcode/CellTrek#12 · 4 comentarios · Abierto el 16/5/2022

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