navinlabcode/CellTrek

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Fork: 23
Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 28

Lingua principale: R
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Ultimo push su GitHub: 23/8/2026
Ultima indicizzazione: 19/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
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28 issue aperte indicizzate

CellTrek on other spatial data, like cosmx SMI data or stereo-seq data. Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#46 · Aperta il 29/5/2025
Single cell data and spatial data matching requirement Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

navinlabcode/CellTrek#44 · Aperta il 3/12/2024
Using Celltrek on non-matching data ST and SC data. Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#42 · Aperta il 27/5/2024
[Question] Is it possible to superimpose a network on spatial image? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

navinlabcode/CellTrek#41 · Aperta il 16/5/2024
Error: package or namespace load failed for ‘CellTrek’ Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#40 · Aperta il 26/3/2024
Error in rownames(st_data[[st_assay]]@data) : no slot of name "data" for this object of class "Assay5", Possible Seurat v5.0 error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#39 · 8 commenti · Aperta il 28/12/2023
ERROR Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#38 · 1 commento · Aperta il 16/12/2023
celltrek_vis Error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#37 · Aperta il 13/12/2023
Errors in CellTrek::traint on example data from README Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

navinlabcode/CellTrek#36 · 4 commenti · Aperta il 3/11/2023
Customized Plot Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

navinlabcode/CellTrek#34 · Aperta il 22/9/2023
Normalization methods Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

navinlabcode/CellTrek#33 · 1 reazione · Aperta il 21/9/2023
Request for cell type annotation of mouse kidney and DCIS1 datasets Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#32 · Aperta il 21/9/2023
Dealing with spatial data with merged samples Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

navinlabcode/CellTrek#31 · Aperta il 26/7/2023
Celltrek output to spot and cell mapping Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

navinlabcode/CellTrek#30 · Aperta il 5/7/2023
"Celltrek"_Simualtion dataset Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

navinlabcode/CellTrek#29 · Aperta il 15/5/2023
lack of single-cell transcriptome data from the same patient Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

navinlabcode/CellTrek#28 · 1 commento · Aperta il 6/5/2023
keep raw data in celltrek object Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

navinlabcode/CellTrek#25 · 1 commento · Aperta il 13/10/2022
celltrek_vis error Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

navinlabcode/CellTrek#24 · 1 commento · Aperta il 12/10/2022
Error while running CellTrek:celltrek function Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#23 · 1 commento · Aperta il 4/10/2022
Error: 'DT_boot_mst' is not an exported object from 'namespace:CellTrek' Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

navinlabcode/CellTrek#22 · Aperta il 17/9/2022
Assigning all single cells Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#21 · 1 commento · Aperta il 28/8/2022
clarification on overall method Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#20 · 2 commenti · Aperta il 12/8/2022
Error: invalid character indexing Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#19 · 1 commento · Aperta il 2/8/2022
Question about Supplementary Figure 7e Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#16 · 1 commento · Aperta il 5/7/2022
How to keep all the metadata from the seurat traint object after running CellTrek::celltrek() Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

navinlabcode/CellTrek#15 · 1 commento · Aperta il 1/7/2022
Visualization and error in celltrek_vis Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#14 · 3 commenti · Aperta il 9/6/2022
Some cells are missing from output Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

navinlabcode/CellTrek#13 · 4 commenti · Aperta il 24/5/2022
Coembedding shows batch effect Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

navinlabcode/CellTrek#12 · 4 commenti · Aperta il 16/5/2022

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