matplotlib / matplotlib/napari-matplotlib

HistogramWidget: 'MultiScaleData' object has no attribute 'ndim'

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Bug
Langage dominant
Python
Étoiles
46
Forks
24
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

Getting this error trying to use HistogramWidget with some zarr data loaded into napari:

File ~/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/napari_matplotlib/histogram.py:72, in HistogramWidget.draw(self=<napari_matplotlib.histogram.HistogramWidget object>)
     67 """
     68 Clear the axes and histogram the currently selected layer/slice.
     69 """
     70 layer = self.layers[0]
---> 72 if layer.data.ndim - layer.rgb == 3:
        layer = <Image layer 'full_rebinned_4' at 0x16d1ad390>
        layer.rgb = False
     73     # 3D data, can be single channel or RGB
     74     data = layer.data[self.current_z]
     75     self.axes.set_title(f"z={self.current_z}")

AttributeError: 'MultiScaleData' object has no attribute 'ndim'

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Piste de recherche

Commencez dans napari_matplotlib/histogram.py, au niveau de HistogramWidget.draw, en particulier à la ligne 72 où layer.data.ndim est utilisé. Reproduisez l’erreur avec les données zarr signalées chargées dans napari et suivez la manière dont MultiScaleData est fourni au widget. La tâche est terminée lorsque HistogramWidget peut gérer ces données sans lever l’AttributeError signalée.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
python
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Bug
Difficulté
3/5
Temps estimé
1-2 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
À clarifier
Accessibilité débutants
30/100

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