matplotlib / matplotlib/ipympl
My heatmap is blank
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Jupyter Notebook
- Star
- 1.7k
- Fork
- 234
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
I am trying to create a heatmap with the follow data: It is a lot of data points, this is just a preview. Any ideas on why it is blank?
TF target importance
0 ZIC5 ZIC2 244.284998
1 DLX6 DLX5 146.211550
2 FOXD4L6 FOXD4L3 139.951544
3 DDX43 OOEP 133.502314
4 FOXD4L3 FOXD4L6 132.367859
5 DLX5 DLX6 131.638314
6 FOXD4 FOXD4L1 128.395748
7 HOXA11 HOXA10 112.056258
8 HOXA2 HOXA3 110.962698
9 ZIC2 ZIC5 109.077028
CODE BELOW:
import os
import glob
import pickle
import pandas as pd
import numpy as np
import scanpy as sc
import loompy as lp
from dask.diagnostics import ProgressBar
from MulticoreTSNE import MulticoreTSNE as TSNE
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
df = pd.read_csv("adj.tsv", sep='\t')
print(df.head(10))
df = df.pivot("TF", "target", "importance")
hm = sns.heatmap(df, linewidth = 0.5, cmap = 'coolwarm')
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với đoạn mã Python, đặc biệt là phần đọc adj.tsv, pivot của DataFrame và lệnh gọi heatmap của seaborn, rồi tái hiện nó trong thiết lập Jupyter được báo cáo. Tệp đầu vào và thông tin chi tiết về môi trường chưa được cung cấp, vì vậy trước tiên hãy xác định xem đầu ra trống có chỉ xảy ra với ipympl hay không. Được xem là hoàn tất khi có chẩn đoán có thể tái hiện hoặc báo cáo được làm rõ với các chi tiết còn thiếu về thiết lập và dữ liệu.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- jupyter, jupyter-notebook, numpy, pandas, python
- Lĩnh vực
- data-visualization
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức phù hợp với người mới
- 18/100