matplotlib / matplotlib/ipympl

My heatmap is blank

Đang mở
#509 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
1.7k
Fork
234
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

I am trying to create a heatmap with the follow data: It is a lot of data points, this is just a preview. Any ideas on why it is blank?

       TF         target   importance
0     ZIC5     ZIC2  244.284998
1     DLX6     DLX5  146.211550
2  FOXD4L6  FOXD4L3  139.951544
3    DDX43     OOEP  133.502314
4  FOXD4L3  FOXD4L6  132.367859
5     DLX5     DLX6  131.638314
6    FOXD4  FOXD4L1  128.395748
7   HOXA11   HOXA10  112.056258
8    HOXA2    HOXA3  110.962698
9     ZIC2     ZIC5  109.077028

CODE BELOW:

import os
import glob
import pickle
import pandas as pd
import numpy as np
import scanpy as sc
import loompy as lp

from dask.diagnostics import ProgressBar

from MulticoreTSNE import MulticoreTSNE as TSNE

import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

df = pd.read_csv("adj.tsv", sep='\t')
print(df.head(10))
df = df.pivot("TF", "target", "importance")
hm = sns.heatmap(df, linewidth = 0.5, cmap = 'coolwarm')
Screenshot 2023-01-12 at 9 02 00 PM

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với đoạn mã Python, đặc biệt là phần đọc adj.tsv, pivot của DataFrame và lệnh gọi heatmap của seaborn, rồi tái hiện nó trong thiết lập Jupyter được báo cáo. Tệp đầu vào và thông tin chi tiết về môi trường chưa được cung cấp, vì vậy trước tiên hãy xác định xem đầu ra trống có chỉ xảy ra với ipympl hay không. Được xem là hoàn tất khi có chẩn đoán có thể tái hiện hoặc báo cáo được làm rõ với các chi tiết còn thiếu về thiết lập và dữ liệu.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
jupyter, jupyter-notebook, numpy, pandas, python
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức phù hợp với người mới
18/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.