matplotlib / matplotlib/ipympl
My heatmap is blank
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- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 1.7k
- Forks
- 234
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
I am trying to create a heatmap with the follow data: It is a lot of data points, this is just a preview. Any ideas on why it is blank?
TF target importance
0 ZIC5 ZIC2 244.284998
1 DLX6 DLX5 146.211550
2 FOXD4L6 FOXD4L3 139.951544
3 DDX43 OOEP 133.502314
4 FOXD4L3 FOXD4L6 132.367859
5 DLX5 DLX6 131.638314
6 FOXD4 FOXD4L1 128.395748
7 HOXA11 HOXA10 112.056258
8 HOXA2 HOXA3 110.962698
9 ZIC2 ZIC5 109.077028
CODE BELOW:
import os
import glob
import pickle
import pandas as pd
import numpy as np
import scanpy as sc
import loompy as lp
from dask.diagnostics import ProgressBar
from MulticoreTSNE import MulticoreTSNE as TSNE
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
df = pd.read_csv("adj.tsv", sep='\t')
print(df.head(10))
df = df.pivot("TF", "target", "importance")
hm = sns.heatmap(df, linewidth = 0.5, cmap = 'coolwarm')
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comienza con el fragmento de Python, especialmente con la lectura de adj.tsv, el pivot de DataFrame y la llamada al heatmap de seaborn, y reprodúcelo en la configuración de Jupyter indicada. No se proporcionan el archivo de entrada ni los detalles del entorno, así que primero determina si la salida en blanco es específica de ipympl. Se considera completado cuando haya un diagnóstico reproducible o un informe aclarado con los detalles que faltan sobre la configuración y los datos.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- jupyter, jupyter-notebook, numpy, pandas, python
- Área
- data-visualization
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Necesita aclaración
- Aptitud para principiantes
- 18/100