matplotlib / matplotlib/ipympl

My heatmap is blank

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Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
1.7k
Forks
234
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Descripción

I am trying to create a heatmap with the follow data: It is a lot of data points, this is just a preview. Any ideas on why it is blank?

       TF         target   importance
0     ZIC5     ZIC2  244.284998
1     DLX6     DLX5  146.211550
2  FOXD4L6  FOXD4L3  139.951544
3    DDX43     OOEP  133.502314
4  FOXD4L3  FOXD4L6  132.367859
5     DLX5     DLX6  131.638314
6    FOXD4  FOXD4L1  128.395748
7   HOXA11   HOXA10  112.056258
8    HOXA2    HOXA3  110.962698
9     ZIC2     ZIC5  109.077028

CODE BELOW:

import os
import glob
import pickle
import pandas as pd
import numpy as np
import scanpy as sc
import loompy as lp

from dask.diagnostics import ProgressBar

from MulticoreTSNE import MulticoreTSNE as TSNE

import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt

df = pd.read_csv("adj.tsv", sep='\t')
print(df.head(10))
df = df.pivot("TF", "target", "importance")
hm = sns.heatmap(df, linewidth = 0.5, cmap = 'coolwarm')
Screenshot 2023-01-12 at 9 02 00 PM

Guía de contribución

Abrir la guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Comienza con el fragmento de Python, especialmente con la lectura de adj.tsv, el pivot de DataFrame y la llamada al heatmap de seaborn, y reprodúcelo en la configuración de Jupyter indicada. No se proporcionan el archivo de entrada ni los detalles del entorno, así que primero determina si la salida en blanco es específica de ipympl. Se considera completado cuando haya un diagnóstico reproducible o un informe aclarado con los detalles que faltan sobre la configuración y los datos.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
jupyter, jupyter-notebook, numpy, pandas, python
Área
data-visualization
Tipo de issue
Error
Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Necesita aclaración
Aptitud para principiantes
18/100

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