matplotlib / matplotlib/ipympl
My heatmap is blank
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- 主要语言
- Jupyter Notebook
- 星标
- 1.7k
- 派生
- 234
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
描述
I am trying to create a heatmap with the follow data: It is a lot of data points, this is just a preview. Any ideas on why it is blank?
```
TF target importance
0 ZIC5 ZIC2 244.284998
1 DLX6 DLX5 146.211550
2 FOXD4L6 FOXD4L3 139.951544
3 DDX43 OOEP 133.502314
4 FOXD4L3 FOXD4L6 132.367859
5 DLX5 DLX6 131.638314
6 FOXD4 FOXD4L1 128.395748
7 HOXA11 HOXA10 112.056258
8 HOXA2 HOXA3 110.962698
9 ZIC2 ZIC5 109.077028
```
CODE BELOW:
```python
import os
import glob
import pickle
import pandas as pd
import numpy as np
import scanpy as sc
import loompy as lp
from dask.diagnostics import ProgressBar
from MulticoreTSNE import MulticoreTSNE as TSNE
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
df = pd.read_csv("adj.tsv", sep='\t')
print(df.head(10))
df = df.pivot("TF", "target", "importance")
hm = sns.heatmap(df, linewidth = 0.5, cmap = 'coolwarm')
```

贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue,再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库,在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request,并在描述里引用这个 Issue 编号。
调研方向
从 Python 代码片段开始,重点检查 adj.tsv 的读取、DataFrame 透视以及 seaborn heatmap 调用,并在报告中所述的 Jupyter 设置中重现该问题。输入文件和环境详细信息尚未提供,因此首先确定空白输出是否特定于 ipympl。完成的标准是得到可复现的诊断,或得到一份补充了缺失设置和数据详细信息的明确报告。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
评估
- 技术栈
- jupyter, jupyter-notebook, numpy, pandas, python
- 领域
- data-visualization
- Issue 类型
- 缺陷
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 活跃度
- 停滞
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 新手友好度
- 18/100