matplotlib / matplotlib/ipympl
My heatmap is blank
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- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 1.7k
- Fork
- 234
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
I am trying to create a heatmap with the follow data: It is a lot of data points, this is just a preview. Any ideas on why it is blank?
TF target importance
0 ZIC5 ZIC2 244.284998
1 DLX6 DLX5 146.211550
2 FOXD4L6 FOXD4L3 139.951544
3 DDX43 OOEP 133.502314
4 FOXD4L3 FOXD4L6 132.367859
5 DLX5 DLX6 131.638314
6 FOXD4 FOXD4L1 128.395748
7 HOXA11 HOXA10 112.056258
8 HOXA2 HOXA3 110.962698
9 ZIC2 ZIC5 109.077028
CODE BELOW:
import os
import glob
import pickle
import pandas as pd
import numpy as np
import scanpy as sc
import loompy as lp
from dask.diagnostics import ProgressBar
from MulticoreTSNE import MulticoreTSNE as TSNE
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
df = pd.read_csv("adj.tsv", sep='\t')
print(df.head(10))
df = df.pivot("TF", "target", "importance")
hm = sns.heatmap(df, linewidth = 0.5, cmap = 'coolwarm')
Guida per i contributori
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Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia con lo snippet Python, in particolare con la lettura di adj.tsv, il pivot del DataFrame e la chiamata alla heatmap di seaborn, e riproducilo nella configurazione Jupyter segnalata. Il file di input e i dettagli dell’ambiente non sono forniti, quindi determina innanzitutto se l’output vuoto è specifico di ipympl. Il lavoro è completato quando si dispone di una diagnosi riproducibile o di una segnalazione chiarita con i dettagli mancanti sulla configurazione e sui dati.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- jupyter, jupyter-notebook, numpy, pandas, python
- Ambito
- data-visualization
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Da chiarire
- Idoneità per principianti
- 18/100