repo.status() appears to be broken?

I'm running repo.status().items() in a pre-commit hook using the -a flag (git commit -a -m "Test"), and I get a result that looks like this:

[('config/git_hooks/pre-commit', 256), ('bin/run_flake8', 256)]

If I run git status in that same process, I get:

On branch ops_1331_fix
Your branch is ahead of 'origin/ops_1331_fix' by 2 commits.
  (use "git push" to publish your local commits)
Changes to be committed:
  (use "git reset HEAD <file>..." to unstage)

    modified:   bin/run_flake8
    modified:   config/git_hooks/pre-commit

In other words, pygit2 is reporting those files as not being staged, and git is reporting them as being staged. Why the discrepancy?

Bắt đầu bằng cách tái hiện sự khác biệt với repo.status().items() trong pre-commit hook khi sử dụng git commit -a, sau đó so sánh kết quả của nó với git status cho hai tệp được liệt kê. Đọc pygit2 status API và hành vi liên quan của libgit2; hoàn thành khi giải thích được tại sao các tệp đã stage nhận status 256 và sửa sự không khớp nếu đó là một lỗi.