SpikeInterface/spikeinterface

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A Python-based module for creating flexible and robust spike sorting pipelines.

Stelle: 847
Fork: 280
Issue aperte per principianti: 2
Issue indicizzate: 286
Merge medio: 3g 9h
PR unite (30g): 29

Lingua principale: Python
Licenza: MIT
Ultimo push su GitHub: 18/9/2026
Ultima indicizzazione: 20/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

286 issue aperte indicizzate

GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known Aperta

performance

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4787 · Aperta il 16/9/2026
Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4781 · 1 commento · Aperta il 15/9/2026
DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting Aperta

performance sorters

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4777 · Aperta il 14/9/2026
Kilosort4 is much slower when run from Spikeinterface than from Kilosort 4 GUI Aperta

performance sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4768 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 8/9/2026
Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units Aperta

testing

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4756 · Aperta il 3/9/2026
Add function to `estimate_templates_from_recording` Aperta

sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4747 · 2 assegnatari · Aperta il 31/8/2026
bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100

SpikeInterface/spikeinterface#4745 · Aperta il 28/8/2026
Training a curation model with metrics from older version fail Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4742 · 1 commento · Aperta il 27/8/2026
Bad channel detection: widget for manual threshold determination Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4738 · Aperta il 25/8/2026
Cleaning up units? Aperta

curation question

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4726 · 2 commenti · Aperta il 31/7/2026
Overview (HD-)MEA's in terms of density Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4722 · Aperta il 30/7/2026
Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer Aperta

chronic performance

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4719 · Aperta il 28/7/2026
Add `slidingRP` optional dependency Aperta

dependencies discussion metrics

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4704 · 1 commento · Aperta il 21/7/2026
Sorting simple queries should not force full data reading Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4702 · 1 reazione · Aperta il 20/7/2026
`Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA Aperta

core

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

SpikeInterface/spikeinterface#4700 · Aperta il 20/7/2026
NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector Aperta

extractors performance

SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 2 assegnatari · Aperta il 17/7/2026
Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly. Aperta

core

SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 1 assegnatario · Aperta il 17/7/2026
Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline? Aperta

question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4694 · 3 commenti · Aperta il 17/7/2026
Sorters should set `main_channel_id` property, when available Aperta

core

SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 1 assegnatario · Aperta il 14/7/2026
What should `to_reordered_spike_vector` do? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4683 · 4 commenti · Aperta il 10/7/2026
Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface` Aperta

discussion

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4669 · 5 commenti · Aperta il 9/7/2026
export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly Aperta

exporters

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4635 · 2 commenti · Aperta il 1/7/2026
Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units Aperta

metrics question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4634 · 6 commenti · Aperta il 1/7/2026
Extracting recording from multiwell Aperta

NEO

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4625 · 6 commenti · Aperta il 24/6/2026
Proposal: Add anti-aliasing option to decimate() Aperta

preprocessing

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4605 · 2 commenti · Aperta il 2/6/2026
Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2 Aperta

sorters

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4604 · Aperta il 2/6/2026
Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui() Aperta

exporters

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4603 · 1 commento · Aperta il 2/6/2026
Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4590 · 1 commento · Aperta il 20/5/2026
Aligning waveforms across spike clusters/templates Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4582 · 1 commento · Aperta il 15/5/2026
correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4576 · 1 commento · Aperta il 7/5/2026
Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4566 · 2 commenti · Aperta il 27/4/2026
Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

SpikeInterface/spikeinterface#4565 · 11 commenti · Aperta il 25/4/2026
Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4561 · 3 commenti · Aperta il 23/4/2026
`aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns Aperta

bug

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 50/100

SpikeInterface/spikeinterface#4546 · 1 commento · Aperta il 21/4/2026
Remove the strategy argument from the noise generators Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4522 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 16/4/2026
Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4519 · 2 commenti · Aperta il 16/4/2026
Lupin clustering distant spikes Aperta

question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4517 · 4 commenti · Aperta il 15/4/2026
Make `num_channels` available on `BaseRecordingSegment` Aperta

enhancement

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

SpikeInterface/spikeinterface#4510 · 2 commenti · Aperta il 14/4/2026
Delete a failed SortingAnalyzer extension Aperta

core postprocessing

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4507 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 10/4/2026
applying curaiton fails if all units were either split or deleted Aperta

bug curation

SpikeInterface/spikeinterface#4501 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 9/4/2026
Duplicate spikes should be removed before SLAy refractory period penalty calculated Aperta

curation

SpikeInterface/spikeinterface#4498 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 7/4/2026
Monopolar triangulation for compute('unit_locations') is inconsistent with compute('spike_locations') Aperta

postprocessing

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4486 · 1 commento · Aperta il 1/4/2026
Temporally correlated noise in simulations Aperta

discussion enhancement generators

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4482 · 7 commenti · 1 reazione · Aperta il 30/3/2026
Letting Lupin pass job kwargs to motion correction. Aperta

sorters

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4475 · 1 commento · Aperta il 26/3/2026
How to concatenate several neuropixels recording from SpikeGLX, especially the ap.meta, nidq.bin and nidq.meta file? Aperta

question

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4444 · 4 commenti · Aperta il 15/3/2026
Workflow hurdles with SpykingCircus2/Tridesclous2: SNR filtering, Probe loss, and Parameter documentation Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4441 · 9 commenti · Aperta il 13/3/2026
Behaviour of detect bad channels outside channel detection Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4434 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 11/3/2026
Adding motion_cleaner into High-level API correct_motion Aperta

motion correction

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4432 · 5 commenti · Aperta il 9/3/2026
Roadmap question: deep inter-session unit matching / UnitMatch-style matching Aperta

question

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4427 · 5 commenti · 2 reazioni · Aperta il 7/3/2026
Pick better default for mp_context Aperta

io performance

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4422 · 7 commenti · Aperta il 4/3/2026

SpikeInterface/spikeinterface

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