SpikeInterface/spikeinterface

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A Python-based module for creating flexible and robust spike sorting pipelines.

スター: 847
フォーク: 280
オープンの初心者向け issue: 2
索引済み issue: 286
平均マージ: 3日 9時間
マージ済み PR（30日）: 29

主要言語: Python
ライセンス: MIT
最終 GitHub push: 2026年9月18日
最新の索引: 2026年9月20日
コントリビューションガイド: コントリビューションガイドがありません
行動規範: 行動規範
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GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known オープン

performance

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4787 · 2026年9月16日に作成
Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4781 · コメント 1 件 · 2026年9月15日に作成
DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting オープン

performance sorters

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4777 · 2026年9月14日に作成
Kilosort4 is much slower when run from Spikeinterface than from Kilosort 4 GUI オープン

performance sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4768 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月8日に作成
Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units オープン

testing

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4756 · 2026年9月3日に作成
Add function to `estimate_templates_from_recording` オープン

sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4747 · 担当者 2 名 · 2026年8月31日に作成
bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 74/100

SpikeInterface/spikeinterface#4745 · 2026年8月28日に作成
Training a curation model with metrics from older version fail オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4742 · コメント 1 件 · 2026年8月27日に作成
Bad channel detection: widget for manual threshold determination オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4738 · 2026年8月25日に作成
Cleaning up units? オープン

curation question

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4726 · コメント 2 件 · 2026年7月31日に作成
Overview (HD-)MEA's in terms of density オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4722 · 2026年7月30日に作成
Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer オープン

chronic performance

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4719 · 2026年7月28日に作成
Add `slidingRP` optional dependency オープン

dependencies discussion metrics

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4704 · コメント 1 件 · 2026年7月21日に作成
Sorting simple queries should not force full data reading オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4702 · リアクション 1 件 · 2026年7月20日に作成
`Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA オープン

core

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 58/100

SpikeInterface/spikeinterface#4700 · 2026年7月20日に作成
NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector オープン

extractors performance

SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 担当者 2 名 · 2026年7月17日に作成
Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly. オープン

core

SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 担当者 1 名 · 2026年7月17日に作成
Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline? オープン

question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4694 · コメント 3 件 · 2026年7月17日に作成
Sorters should set `main_channel_id` property, when available オープン

core

SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 担当者 1 名 · 2026年7月14日に作成
What should `to_reordered_spike_vector` do? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4683 · コメント 4 件 · 2026年7月10日に作成
Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface` オープン

discussion

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4669 · コメント 5 件 · 2026年7月9日に作成
export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly オープン

exporters

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4635 · コメント 2 件 · 2026年7月1日に作成
Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units オープン

metrics question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4634 · コメント 6 件 · 2026年7月1日に作成
Extracting recording from multiwell オープン

NEO

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4625 · コメント 6 件 · 2026年6月24日に作成
Proposal: Add anti-aliasing option to decimate() オープン

preprocessing

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4605 · コメント 2 件 · 2026年6月2日に作成
Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2 オープン

sorters

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4604 · 2026年6月2日に作成
Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui() オープン

exporters

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4603 · コメント 1 件 · 2026年6月2日に作成
Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4590 · コメント 1 件 · 2026年5月20日に作成
Aligning waveforms across spike clusters/templates オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4582 · コメント 1 件 · 2026年5月15日に作成
correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4576 · コメント 1 件 · 2026年5月7日に作成
Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4566 · コメント 2 件 · 2026年4月27日に作成
Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 52/100

SpikeInterface/spikeinterface#4565 · コメント 11 件 · 2026年4月25日に作成
Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4561 · コメント 3 件 · 2026年4月23日に作成
`aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 50/100

SpikeInterface/spikeinterface#4546 · コメント 1 件 · 2026年4月21日に作成
Remove the strategy argument from the noise generators オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4522 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2026年4月16日に作成
Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4519 · コメント 2 件 · 2026年4月16日に作成
Lupin clustering distant spikes オープン

question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4517 · コメント 4 件 · 2026年4月15日に作成
Make `num_channels` available on `BaseRecordingSegment` オープン

enhancement

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 72/100

SpikeInterface/spikeinterface#4510 · コメント 2 件 · 2026年4月14日に作成
Delete a failed SortingAnalyzer extension オープン

core postprocessing

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4507 · コメント 1 件 · リアクション 1 件 · 2026年4月10日に作成
applying curaiton fails if all units were either split or deleted オープン

bug curation

SpikeInterface/spikeinterface#4501 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年4月9日に作成
Duplicate spikes should be removed before SLAy refractory period penalty calculated オープン

curation

SpikeInterface/spikeinterface#4498 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年4月7日に作成
Monopolar triangulation for compute('unit_locations') is inconsistent with compute('spike_locations') オープン

postprocessing

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4486 · コメント 1 件 · 2026年4月1日に作成
Temporally correlated noise in simulations オープン

discussion enhancement generators

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4482 · コメント 7 件 · リアクション 1 件 · 2026年3月30日に作成
Letting Lupin pass job kwargs to motion correction. オープン

sorters

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4475 · コメント 1 件 · 2026年3月26日に作成
How to concatenate several neuropixels recording from SpikeGLX, especially the ap.meta, nidq.bin and nidq.meta file? オープン

question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4444 · コメント 4 件 · 2026年3月15日に作成
Workflow hurdles with SpykingCircus2/Tridesclous2: SNR filtering, Probe loss, and Parameter documentation オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4441 · コメント 9 件 · 2026年3月13日に作成
Behaviour of detect bad channels outside channel detection オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4434 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2026年3月11日に作成
Adding motion_cleaner into High-level API correct_motion オープン

motion correction

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4432 · コメント 5 件 · 2026年3月9日に作成
Roadmap question: deep inter-session unit matching / UnitMatch-style matching オープン

question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4427 · コメント 5 件 · リアクション 2 件 · 2026年3月7日に作成
Pick better default for mp_context オープン

io performance

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4422 · コメント 7 件 · 2026年3月4日に作成

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