SpikeInterface/spikeinterface

Xem trên GitHub

A Python-based module for creating flexible and robust spike sorting pipelines.

Star: 847
Fork: 280
Issue cho người mới đang mở: 2
Issue đã lập chỉ mục: 286
Merge trung bình: 3 ngày 9 giờ
Pull request đã merge (30 ngày): 29

Ngôn ngữ chính: Python
Giấy phép: MIT
Lần push lên GitHub gần nhất: 18/9/2026
Lập chỉ mục gần nhất: 20/9/2026
Hướng dẫn đóng góp: Không có hướng dẫn đóng góp
Quy tắc ứng xử: Quy tắc ứng xử
Label cho người mới: Chưa lập chỉ mục label nào cho người mới

Phù hợp cho người mới Tất cả

Đang mở Tất cả

Đã lập chỉ mục 286 issue đang mở

GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known Đang mở

performance

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4787 · Mở ngày 16/9/2026
Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4781 · 1 bình luận · Mở ngày 15/9/2026
DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting Đang mở

performance sorters

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4777 · Mở ngày 14/9/2026
Kilosort4 is much slower when run from Spikeinterface than from Kilosort 4 GUI Đang mở

performance sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4768 · 2 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 8/9/2026
Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units Đang mở

testing

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4756 · Mở ngày 3/9/2026
Add function to `estimate_templates_from_recording` Đang mở

sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4747 · 2 người được giao · Mở ngày 31/8/2026
bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100

SpikeInterface/spikeinterface#4745 · Mở ngày 28/8/2026
Training a curation model with metrics from older version fail Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4742 · 1 bình luận · Mở ngày 27/8/2026
Bad channel detection: widget for manual threshold determination Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4738 · Mở ngày 25/8/2026
Cleaning up units? Đang mở

curation question

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4726 · 2 bình luận · Mở ngày 31/7/2026
Overview (HD-)MEA's in terms of density Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4722 · Mở ngày 30/7/2026
Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer Đang mở

chronic performance

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4719 · Mở ngày 28/7/2026
Add `slidingRP` optional dependency Đang mở

dependencies discussion metrics

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4704 · 1 bình luận · Mở ngày 21/7/2026
Sorting simple queries should not force full data reading Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4702 · 1 reaction · Mở ngày 20/7/2026
`Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA Đang mở

core

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100

SpikeInterface/spikeinterface#4700 · Mở ngày 20/7/2026
NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector Đang mở

extractors performance

SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 2 người được giao · Mở ngày 17/7/2026
Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly. Đang mở

core

SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 1 người được giao · Mở ngày 17/7/2026
Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline? Đang mở

question

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4694 · 3 bình luận · Mở ngày 17/7/2026
Sorters should set `main_channel_id` property, when available Đang mở

core

SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 1 người được giao · Mở ngày 14/7/2026
What should `to_reordered_spike_vector` do? Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4683 · 4 bình luận · Mở ngày 10/7/2026
Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface` Đang mở

discussion

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4669 · 5 bình luận · Mở ngày 9/7/2026
export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly Đang mở

exporters

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4635 · 2 bình luận · Mở ngày 1/7/2026
Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units Đang mở

metrics question

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4634 · 6 bình luận · Mở ngày 1/7/2026
Extracting recording from multiwell Đang mở

NEO

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4625 · 6 bình luận · Mở ngày 24/6/2026
Proposal: Add anti-aliasing option to decimate() Đang mở

preprocessing

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4605 · 2 bình luận · Mở ngày 2/6/2026
Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2 Đang mở

sorters

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4604 · Mở ngày 2/6/2026
Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui() Đang mở

exporters

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4603 · 1 bình luận · Mở ngày 2/6/2026
Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4590 · 1 bình luận · Mở ngày 20/5/2026
Aligning waveforms across spike clusters/templates Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4582 · 1 bình luận · Mở ngày 15/5/2026
correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4576 · 1 bình luận · Mở ngày 7/5/2026
Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4566 · 2 bình luận · Mở ngày 27/4/2026
Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100

SpikeInterface/spikeinterface#4565 · 11 bình luận · Mở ngày 25/4/2026
Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4561 · 3 bình luận · Mở ngày 23/4/2026
`aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns Đang mở

bug

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100

SpikeInterface/spikeinterface#4546 · 1 bình luận · Mở ngày 21/4/2026
Remove the strategy argument from the noise generators Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4522 · 2 bình luận · 1 reaction · Mở ngày 16/4/2026
Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4519 · 2 bình luận · Mở ngày 16/4/2026
Lupin clustering distant spikes Đang mở

question

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4517 · 4 bình luận · Mở ngày 15/4/2026
Make `num_channels` available on `BaseRecordingSegment` Đang mở

enhancement

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100

SpikeInterface/spikeinterface#4510 · 2 bình luận · Mở ngày 14/4/2026
Delete a failed SortingAnalyzer extension Đang mở

core postprocessing

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4507 · 1 bình luận · 1 reaction · Mở ngày 10/4/2026
applying curaiton fails if all units were either split or deleted Đang mở

bug curation

SpikeInterface/spikeinterface#4501 · 2 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 9/4/2026
Duplicate spikes should be removed before SLAy refractory period penalty calculated Đang mở

curation

SpikeInterface/spikeinterface#4498 · 2 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 7/4/2026
Monopolar triangulation for compute('unit_locations') is inconsistent with compute('spike_locations') Đang mở

postprocessing

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4486 · 1 bình luận · Mở ngày 1/4/2026
Temporally correlated noise in simulations Đang mở

discussion enhancement generators

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4482 · 7 bình luận · 1 reaction · Mở ngày 30/3/2026
Letting Lupin pass job kwargs to motion correction. Đang mở

sorters

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4475 · 1 bình luận · Mở ngày 26/3/2026
How to concatenate several neuropixels recording from SpikeGLX, especially the ap.meta, nidq.bin and nidq.meta file? Đang mở

question

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4444 · 4 bình luận · Mở ngày 15/3/2026
Workflow hurdles with SpykingCircus2/Tridesclous2: SNR filtering, Probe loss, and Parameter documentation Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4441 · 9 bình luận · Mở ngày 13/3/2026
Behaviour of detect bad channels outside channel detection Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4434 · 2 bình luận · 1 reaction · Mở ngày 11/3/2026
Adding motion_cleaner into High-level API correct_motion Đang mở

motion correction

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4432 · 5 bình luận · Mở ngày 9/3/2026
Roadmap question: deep inter-session unit matching / UnitMatch-style matching Đang mở

question

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4427 · 5 bình luận · 2 reaction · Mở ngày 7/3/2026
Pick better default for mp_context Đang mở

io performance

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4422 · 7 bình luận · Mở ngày 4/3/2026

SpikeInterface/spikeinterface

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn