SpikeInterface/spikeinterface

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A Python-based module for creating flexible and robust spike sorting pipelines.

Estrellas: 847
Forks: 280
Issues abiertos para principiantes: 2
Issues indexados: 286
Merge medio: 3 d 9 h
PR fusionados (30 d): 29

Lenguaje dominante: Python
Licencia: MIT
Último push a GitHub: 18/9/2026
Última indexación: 20/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

286 issues abiertos indexados

GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known Abierto

performance

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4787 · Abierto el 16/9/2026
Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4781 · 1 comentario · Abierto el 15/9/2026
DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting Abierto

performance sorters

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4777 · Abierto el 14/9/2026
Kilosort4 is much slower when run from Spikeinterface than from Kilosort 4 GUI Abierto

performance sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4768 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 8/9/2026
Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units Abierto

testing

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4756 · Abierto el 3/9/2026
Add function to `estimate_templates_from_recording` Abierto

sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4747 · 2 asignados · Abierto el 31/8/2026
bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100

SpikeInterface/spikeinterface#4745 · Abierto el 28/8/2026
Training a curation model with metrics from older version fail Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4742 · 1 comentario · Abierto el 27/8/2026
Bad channel detection: widget for manual threshold determination Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4738 · Abierto el 25/8/2026
Cleaning up units? Abierto

curation question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4726 · 2 comentarios · Abierto el 31/7/2026
Overview (HD-)MEA's in terms of density Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4722 · Abierto el 30/7/2026
Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer Abierto

chronic performance

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4719 · Abierto el 28/7/2026
Add `slidingRP` optional dependency Abierto

dependencies discussion metrics

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4704 · 1 comentario · Abierto el 21/7/2026
Sorting simple queries should not force full data reading Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4702 · 1 reacción · Abierto el 20/7/2026
`Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA Abierto

core

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

SpikeInterface/spikeinterface#4700 · Abierto el 20/7/2026
NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector Abierto

extractors performance

SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 2 asignados · Abierto el 17/7/2026
Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly. Abierto

core

SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 1 asignado · Abierto el 17/7/2026
Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline? Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4694 · 3 comentarios · Abierto el 17/7/2026
Sorters should set `main_channel_id` property, when available Abierto

core

SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 1 asignado · Abierto el 14/7/2026
What should `to_reordered_spike_vector` do? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4683 · 4 comentarios · Abierto el 10/7/2026
Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface` Abierto

discussion

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4669 · 5 comentarios · Abierto el 9/7/2026
export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly Abierto

exporters

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4635 · 2 comentarios · Abierto el 1/7/2026
Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units Abierto

metrics question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4634 · 6 comentarios · Abierto el 1/7/2026
Extracting recording from multiwell Abierto

NEO

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4625 · 6 comentarios · Abierto el 24/6/2026
Proposal: Add anti-aliasing option to decimate() Abierto

preprocessing

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4605 · 2 comentarios · Abierto el 2/6/2026
Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2 Abierto

sorters

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4604 · Abierto el 2/6/2026
Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui() Abierto

exporters

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4603 · 1 comentario · Abierto el 2/6/2026
Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4590 · 1 comentario · Abierto el 20/5/2026
Aligning waveforms across spike clusters/templates Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4582 · 1 comentario · Abierto el 15/5/2026
correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4576 · 1 comentario · Abierto el 7/5/2026
Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4566 · 2 comentarios · Abierto el 27/4/2026
Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

SpikeInterface/spikeinterface#4565 · 11 comentarios · Abierto el 25/4/2026
Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4561 · 3 comentarios · Abierto el 23/4/2026
`aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 50/100

SpikeInterface/spikeinterface#4546 · 1 comentario · Abierto el 21/4/2026
Remove the strategy argument from the noise generators Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4522 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 16/4/2026
Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4519 · 2 comentarios · Abierto el 16/4/2026
Lupin clustering distant spikes Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4517 · 4 comentarios · Abierto el 15/4/2026
Make `num_channels` available on `BaseRecordingSegment` Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

SpikeInterface/spikeinterface#4510 · 2 comentarios · Abierto el 14/4/2026
Delete a failed SortingAnalyzer extension Abierto

core postprocessing

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4507 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 10/4/2026
applying curaiton fails if all units were either split or deleted Abierto

bug curation

SpikeInterface/spikeinterface#4501 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 9/4/2026
Duplicate spikes should be removed before SLAy refractory period penalty calculated Abierto

curation

SpikeInterface/spikeinterface#4498 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 7/4/2026
Monopolar triangulation for compute('unit_locations') is inconsistent with compute('spike_locations') Abierto

postprocessing

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4486 · 1 comentario · Abierto el 1/4/2026
Temporally correlated noise in simulations Abierto

discussion enhancement generators

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4482 · 7 comentarios · 1 reacción · Abierto el 30/3/2026
Letting Lupin pass job kwargs to motion correction. Abierto

sorters

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4475 · 1 comentario · Abierto el 26/3/2026
How to concatenate several neuropixels recording from SpikeGLX, especially the ap.meta, nidq.bin and nidq.meta file? Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4444 · 4 comentarios · Abierto el 15/3/2026
Workflow hurdles with SpykingCircus2/Tridesclous2: SNR filtering, Probe loss, and Parameter documentation Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4441 · 9 comentarios · Abierto el 13/3/2026
Behaviour of detect bad channels outside channel detection Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4434 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 11/3/2026
Adding motion_cleaner into High-level API correct_motion Abierto

motion correction

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4432 · 5 comentarios · Abierto el 9/3/2026
Roadmap question: deep inter-session unit matching / UnitMatch-style matching Abierto

question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4427 · 5 comentarios · 2 reacciones · Abierto el 7/3/2026
Pick better default for mp_context Abierto

io performance

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4422 · 7 comentarios · Abierto el 4/3/2026

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