Propietario

SpikeInterface

7 repositorios indexados · Ver en GitHub

spikeinterface
A Python-based module for creating flexible and robust spike sorting pipelines.

Python · 847 estrellas
probeinterface
Python package to handle probe layout, geometry and wiring to device.

Python · 85 estrellas
spikeinterface-gui
GUI for spikeinterface objects

Python · 71 estrellas
MEArec
Fast and customizable of extracellular recordings on MEA

AGS Script · 54 estrellas
probeinterface_library
Collection of probe description for probeinterface

TypeScript · 21 estrellas
spikeinterface-dockerfiles
Collection of spike sorters Docker files

Dockerfile · 9 estrellas
ndx-probeinterface
Extension for neural probes in the probeinterface format to NWB

Python · 3 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Cannot load previously-loadable Open Ephys Neuropixels 2 data (XML file issue) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

SpikeInterface/probeinterface#469 · 2 comentarios · Abierto el 16/9/2026
GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known Abierto

performance

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4787 · Abierto el 16/9/2026
Support pobes whose geometry is chosen at order time Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/probeinterface_library#81 · Abierto el 15/9/2026
Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4781 · 1 comentario · Abierto el 15/9/2026
DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting Abierto

performance sorters

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4777 · Abierto el 14/9/2026
Kilosort4 is much slower when run from Spikeinterface than from Kilosort 4 GUI Abierto

performance sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4768 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 8/9/2026
Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units Abierto

testing

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4756 · Abierto el 3/9/2026
Add function to `estimate_templates_from_recording` Abierto

sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4747 · 2 asignados · Abierto el 31/8/2026
probe plotting feature request Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

SpikeInterface/probeinterface#465 · Abierto el 31/8/2026
bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 74/100

SpikeInterface/spikeinterface#4745 · Abierto el 28/8/2026
Training a curation model with metrics from older version fail Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4742 · 1 comentario · Abierto el 27/8/2026
Bad channel detection: widget for manual threshold determination Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4738 · Abierto el 25/8/2026
Cleaning up units? Abierto

curation question

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4726 · 2 comentarios · Abierto el 31/7/2026
Add shank thickness to definition Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

SpikeInterface/probeinterface_library#73 · 5 comentarios · Abierto el 30/7/2026
Overview (HD-)MEA's in terms of density Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4722 · Abierto el 30/7/2026
Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer Abierto

chronic performance

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4719 · Abierto el 28/7/2026
Add `slidingRP` optional dependency Abierto

dependencies discussion metrics

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4704 · 1 comentario · Abierto el 21/7/2026
Sorting simple queries should not force full data reading Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4702 · 1 reacción · Abierto el 20/7/2026
`Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA Abierto

core

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

SpikeInterface/spikeinterface#4700 · Abierto el 20/7/2026
NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector Abierto

extractors performance

SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 2 asignados · Abierto el 17/7/2026
Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly. Abierto

core

SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 1 asignado · Abierto el 17/7/2026
Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline? Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4694 · 3 comentarios · Abierto el 17/7/2026
Sorters should set `main_channel_id` property, when available Abierto

core

SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 1 asignado · Abierto el 14/7/2026
CambridgeNeurotech ASSY-325D H10 & E-1 probes inconsistent with documentation Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/probeinterface_library#67 · 1 comentario · Abierto el 11/7/2026
What should `to_reordered_spike_vector` do? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4683 · 4 comentarios · Abierto el 10/7/2026
Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface` Abierto

discussion

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4669 · 5 comentarios · Abierto el 9/7/2026
export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly Abierto

exporters

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4635 · 2 comentarios · Abierto el 1/7/2026
Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units Abierto

metrics question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4634 · 6 comentarios · Abierto el 1/7/2026
Add shank thickness to the Probe model Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 48/100

SpikeInterface/probeinterface#452 · 1 comentario · Abierto el 24/6/2026
Extracting recording from multiwell Abierto

NEO

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4625 · 6 comentarios · Abierto el 24/6/2026
Recordings with 'impossible' neuron positions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

SpikeInterface/MEArec#188 · Abierto el 23/6/2026
Rec group set to shank_id in NP 2.0 multishank, but to probe_id for NP 1.0 Abierto

question

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/probeinterface#449 · 7 comentarios · Abierto el 19/6/2026
Slice Probe and ProbeGroup by stable identifiers, not positional integers Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

SpikeInterface/probeinterface#447 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 13/6/2026
Proposal: Add anti-aliasing option to decimate() Abierto

preprocessing

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4605 · 2 comentarios · Abierto el 2/6/2026
Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2 Abierto

sorters

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4604 · Abierto el 2/6/2026
Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui() Abierto

exporters

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4603 · 1 comentario · Abierto el 2/6/2026
State of Neuropixels support in SpikeGadgets/Trodes Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/probeinterface#444 · Abierto el 22/5/2026
`read_spikegadgets_neuropixels` applies a display offset to multi-probe geometry; should it? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/probeinterface#442 · Abierto el 22/5/2026
Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4590 · 1 comentario · Abierto el 20/5/2026
Aligning waveforms across spike clusters/templates Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4582 · 1 comentario · Abierto el 15/5/2026
correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4576 · 1 comentario · Abierto el 7/5/2026
docker, kilosort4, blackwell Abierto

SpikeInterface/spikeinterface-dockerfiles#91 · 1 asignado · Abierto el 28/4/2026
Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4566 · 2 comentarios · Abierto el 27/4/2026
Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

SpikeInterface/spikeinterface#4565 · 11 comentarios · Abierto el 25/4/2026
combine_probes lose 'device_channel_indices' Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

SpikeInterface/probeinterface#431 · 1 comentario · Abierto el 25/4/2026
Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4561 · 3 comentarios · Abierto el 23/4/2026
`aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 50/100

SpikeInterface/spikeinterface#4546 · 1 comentario · Abierto el 21/4/2026
`ProbeGroup` should enforce contact position uniqueness across probes Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 56/100

SpikeInterface/probeinterface#422 · Abierto el 17/4/2026
Remove the strategy argument from the noise generators Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4522 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 16/4/2026
Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4519 · 2 comentarios · Abierto el 16/4/2026

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