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SpikeInterface

已索引 7 个仓库 · 在 GitHub 查看

spikeinterface
A Python-based module for creating flexible and robust spike sorting pipelines.

Python · 847 个 star
probeinterface
Python package to handle probe layout, geometry and wiring to device.

Python · 85 个 star
spikeinterface-gui
GUI for spikeinterface objects

Python · 71 个 star
MEArec
Fast and customizable of extracellular recordings on MEA

AGS Script · 54 个 star
probeinterface_library
Collection of probe description for probeinterface

TypeScript · 21 个 star
spikeinterface-dockerfiles
Collection of spike sorters Docker files

Dockerfile · 9 个 star
ndx-probeinterface
Extension for neural probes in the probeinterface format to NWB

Python · 3 个 star

适合新手全部

未关闭全部

Cannot load previously-loadable Open Ephys Neuropixels 2 data (XML file issue) 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 58/100

SpikeInterface/probeinterface#469 · 2 条评论 · 2026年9月16日创建
GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known 未关闭

performance

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4787 · 2026年9月16日创建
Support pobes whose geometry is chosen at order time 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SpikeInterface/probeinterface_library#81 · 2026年9月15日创建
Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4781 · 1 条评论 · 2026年9月15日创建
DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting 未关闭

performance sorters

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4777 · 2026年9月14日创建
Kilosort4 is much slower when run from Spikeinterface than from Kilosort 4 GUI 未关闭

performance sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4768 · 2 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年9月8日创建
Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units 未关闭

testing

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4756 · 2026年9月3日创建
Add function to `estimate_templates_from_recording` 未关闭

sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4747 · 已指派 2 人 · 2026年8月31日创建
probe plotting feature request 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

SpikeInterface/probeinterface#465 · 2026年8月31日创建
bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 74/100

SpikeInterface/spikeinterface#4745 · 2026年8月28日创建
Training a curation model with metrics from older version fail 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4742 · 1 条评论 · 2026年8月27日创建
Bad channel detection: widget for manual threshold determination 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4738 · 2026年8月25日创建
Cleaning up units? 未关闭

curation question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4726 · 2 条评论 · 2026年7月31日创建
Add shank thickness to definition 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 62/100

SpikeInterface/probeinterface_library#73 · 5 条评论 · 2026年7月30日创建
Overview (HD-)MEA's in terms of density 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4722 · 2026年7月30日创建
Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer 未关闭

chronic performance

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4719 · 2026年7月28日创建
Add `slidingRP` optional dependency 未关闭

dependencies discussion metrics

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4704 · 1 条评论 · 2026年7月21日创建
Sorting simple queries should not force full data reading 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4702 · 1 个 reaction · 2026年7月20日创建
`Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA 未关闭

core

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

SpikeInterface/spikeinterface#4700 · 2026年7月20日创建
NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector 未关闭

extractors performance

SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 已指派 2 人 · 2026年7月17日创建
Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly. 未关闭

core

SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 已指派 1 人 · 2026年7月17日创建
Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline? 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4694 · 3 条评论 · 2026年7月17日创建
Sorters should set `main_channel_id` property, when available 未关闭

core

SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 已指派 1 人 · 2026年7月14日创建
CambridgeNeurotech ASSY-325D H10 & E-1 probes inconsistent with documentation 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/probeinterface_library#67 · 1 条评论 · 2026年7月11日创建
What should `to_reordered_spike_vector` do? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4683 · 4 条评论 · 2026年7月10日创建
Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface` 未关闭

discussion

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4669 · 5 条评论 · 2026年7月9日创建
export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly 未关闭

exporters

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4635 · 2 条评论 · 2026年7月1日创建
Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units 未关闭

metrics question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4634 · 6 条评论 · 2026年7月1日创建
Add shank thickness to the Probe model 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 48/100

SpikeInterface/probeinterface#452 · 1 条评论 · 2026年6月24日创建
Extracting recording from multiwell 未关闭

NEO

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4625 · 6 条评论 · 2026年6月24日创建
Recordings with 'impossible' neuron positions 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SpikeInterface/MEArec#188 · 2026年6月23日创建
Rec group set to shank_id in NP 2.0 multishank, but to probe_id for NP 1.0 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/probeinterface#449 · 7 条评论 · 2026年6月19日创建
Slice Probe and ProbeGroup by stable identifiers, not positional integers 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

SpikeInterface/probeinterface#447 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2026年6月13日创建
Proposal: Add anti-aliasing option to decimate() 未关闭

preprocessing

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4605 · 2 条评论 · 2026年6月2日创建
Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2 未关闭

sorters

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4604 · 2026年6月2日创建
Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui() 未关闭

exporters

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4603 · 1 条评论 · 2026年6月2日创建
State of Neuropixels support in SpikeGadgets/Trodes 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/probeinterface#444 · 2026年5月22日创建
`read_spikegadgets_neuropixels` applies a display offset to multi-probe geometry; should it? 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/probeinterface#442 · 2026年5月22日创建
Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4590 · 1 条评论 · 2026年5月20日创建
Aligning waveforms across spike clusters/templates 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4582 · 1 条评论 · 2026年5月15日创建
correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4576 · 1 条评论 · 2026年5月7日创建
docker, kilosort4, blackwell 未关闭

SpikeInterface/spikeinterface-dockerfiles#91 · 已指派 1 人 · 2026年4月28日创建
Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4566 · 2 条评论 · 2026年4月27日创建
Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

SpikeInterface/spikeinterface#4565 · 11 条评论 · 2026年4月25日创建
combine_probes lose 'device_channel_indices' 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

SpikeInterface/probeinterface#431 · 1 条评论 · 2026年4月25日创建
Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4561 · 3 条评论 · 2026年4月23日创建
`aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 50/100

SpikeInterface/spikeinterface#4546 · 1 条评论 · 2026年4月21日创建
`ProbeGroup` should enforce contact position uniqueness across probes 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 56/100

SpikeInterface/probeinterface#422 · 2026年4月17日创建
Remove the strategy argument from the noise generators 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4522 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2026年4月16日创建
Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4519 · 2 条评论 · 2026年4月16日创建

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