intermine / intermine/intermine-ws-python-docs

Tutorial 4 final steps cause an error

オープン
#24 コメント 2 件 リアクション 0 件 担当者 0 名 GitHub で見る
主要言語
Jupyter Notebook
スター
14
フォーク
19
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

This might actually be an issue with the python package, but I'll leave that up to you to decide and open in the python client repo if needed.

The issue is in the final couple of lines of tutorial 4 - I thought I'd add a printline statement to see the output for these two lines...

```
query.add_path_description("ontologyAnnotations.ontologyTerm","Ontology Term")
query.add_path_description("publications","Pub.")
```
But when I try to print we get a badly formed query error.

You can try it out yourself in [this binder instance](https://mybinder.org/v2/gh/yochannah/intermine-ws-python-docs/tutorial-4?filepath=04-tutorial.ipynb)

Error:
```python
WebserviceError: ('There was a problem with our request', 400, 'Bad Request', u"Query does not pass XML validation. cvc-complex-type.3.2.2: Attribute 'path' is not allowed to appear in element 'pathDescription'.\ncvc-complex-type.4: Attribute 'pathString' must appear on element 'pathDescription'.\ncvc-complex-type.3.2.2: Attribute 'path' is not allowed to appear in element 'pathDescription'.\ncvc-complex-type.4: Attribute 'pathString' must appear on element 'pathDescription'.\n")
```

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

調査の方向性

Open 04-tutorial.ipynb on the tutorial-4 branch and run the final cells in the linked Binder instance. Trace the two add_path_description calls and the resulting XML validation error, then determine whether the fix belongs in the tutorial or the Python client; done when the tutorial no longer produces the reported error.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
jupyter-notebook, python
領域
documentation
issue の種類
バグ
難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
42/100

新しい issue をメールで受け取る

初心者向けの GitHub issue を短くまとめたダイジェスト。