Chủ sở hữu

angelolab

Đã lập chỉ mục 11 kho mã nguồn · Xem trên GitHub

ark-analysis
Integrated pipeline for multiplexed image analysis

Jupyter Notebook · 108 star
Nimbus-Inference

Python · 45 star
publications
Code from our publications

Jupyter Notebook · 20 star
SpaceCat
Generate a spatial catalogue from multiplexed imaging data

Python · 19 star
toffy
Scripts for interacting with and generating data from the commercial MIBIScope

Jupyter Notebook · 17 star
TNBC_python_scripts

Python · 3 star
maldi-tools
Tools for extracting MALDI TIMS TOF 2 Data

Python · 1 star
pyFlowSOM
Python implementation of the C-optimized FlowSOM library

Cython · 1 star
mibi-bin-tools
Tools for extracting TIFF images from mibiscope bin files

Python · 1 star
MIBIsualization
Visualization tools for MIBItiff data.

Jupyter Notebook · 0 star
alpineer
Toolbox for Multiplexed Imaging

Python · 0 star

Đang mở Tất cả

Đã lập chỉ mục 92 issue đang mở

Switch to Docker build environment Đang mở

angelolab/MIBIsualization#4 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Can SpaceCat be applied to high-resolution spatial transcriptomics like Xenium? Đang mở

question

angelolab/SpaceCat#23 · 5 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Squidpy spatial neighbors row/col index mismatch in knn mode Đang mở

bug

angelolab/SpaceCat#31 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Next steps for feature extraction pipeline Đang mở

enhancement

angelolab/TNBC_python_scripts#43 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Incorporate spatial organization into pipeline Đang mở

enhancement

angelolab/TNBC_python_scripts#46 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Update `validate_panel` normalization method to use cohort-wide constants per channel Đang mở

bug

angelolab/TNBC_python_scripts#48 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Data acquisition---pixelClustering_sigma2_passes10_rep1_mapping.csv and px_colors.csv Đang mở

angelolab/publications#6 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Missing file for Figure 3 reproduction: timepoint_combined_features_outcome_labels.csv Đang mở

angelolab/publications#8 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Product backlog Đang mở

enhancement

angelolab/Nimbus-Inference#1 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Magnification parameter Đang mở

enhancement

angelolab/Nimbus-Inference#61 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
include baseline correction before peak detection Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#4 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Images in Debug folder not showing correctly Đang mở

bug

angelolab/maldi-tools#6 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Package installation should be in user mode Đang mở

bug

angelolab/maldi-tools#9 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Library matching to more than one peak for an adduct Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#11 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Automatic generation of input masks for MALDI acqusition Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#13 · 0 bình luận · 0 reaction · 2 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Automate `.imzml` extraction using `timsconvert` package Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#14 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Automate MALDI extraction pipeline Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#15 · 0 bình luận · 0 reaction · 2 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Data Directory Restructure Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#16 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Support Windows and Linux `pip` installation Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#17 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Restructure the repo Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#18 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Remove the need for `imzml` and poslog files for core cropping Đang mở

angelolab/maldi-tools#28 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
`peak_spectra` function should not save the computed peak after every iteration Đang mở

enhancement

angelolab/maldi-tools#36 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
AttributeError: module 'scipy' has no attribute 'spatial' Đang mở

bug

angelolab/pyFlowSOM#20 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
`list_files` and `list_folders` fails if non-alphanum character contained in substr Đang mở

bug help wanted

angelolab/alpineer#43 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
`load_utils.fov_to_ome` is prohibitively slow for large cohorts Đang mở

enhancement

angelolab/alpineer#44 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Update Numpy Version Đang mở

enhancement

angelolab/alpineer#47 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
`list_files` and `list_folders` don't handle substrings between delimiters correctly Đang mở

bug

angelolab/alpineer#49 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
`verify_same_elements` doesn't throw a `ValueError` if either list 1 or list 2 have a length of 0 (not both) Đang mở

bug

angelolab/alpineer#50 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Remove `plugin` argument of `io.imsave` to suppress warning logs Đang mở

enhancement

angelolab/alpineer#51 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
pip install alpineer doesn't work Đang mở

bug

angelolab/alpineer#52 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Check for saturating counts when extracting pulses Đang mở

enhancement

angelolab/mibi-bin-tools#49 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Does the functions bin_files.extract_spectra and bin_files.calibrate_spectrum exist in the new repository version? Đang mở

question

angelolab/mibi-bin-tools#61 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
`_mass2tof` returns negative time of flight values for extremely low masses Đang mở

bug help wanted

angelolab/mibi-bin-tools#68 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
CI Updates Đang mở

angelolab/mibi-bin-tools#69 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Rosetta coefficient tracking Đang mở

angelolab/toffy#55 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Marker Intensity vs. Image Location Analysis Script Đang mở

enhancement

angelolab/toffy#304 · 3 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add pre-commit hooks for Jupyter notebooks Đang mở

enhancement

angelolab/toffy#349 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Additively add multiple compensation matrices together for round 2 Rosetta Đang mở

design_doc

angelolab/toffy#364 · 3 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add fallback protection to Rosetta pipeline Đang mở

enhancement

angelolab/toffy#375 · 1 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add Powershell Scripts for Starting and updating the notebooks Đang mở

enhancement

angelolab/toffy#376 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add tests for Windows and macOS Đang mở

enhancement

angelolab/toffy#395 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Automatically check for GitHub updates on the CACs Đang mở

enhancement

angelolab/toffy#411 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Rosetta Round 2 Đang mở

enhancement

angelolab/toffy#432 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
QC TMA feature specification Đang mở

bug

angelolab/toffy#438 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Define Rosetta matrix for compensation on MIBIBlue slides Đang mở

design_doc

angelolab/toffy#471 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
`incomplete_fov_check` errors out if gold mass not specified or not named `Au` Đang mở

bug

angelolab/toffy#473 · 0 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Default plotting settings for all plots Đang mở

enhancement good first issue

angelolab/ark-analysis#206 · 1 bình luận · 0 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Remove extraneous `misc_utils.verify_in_list` and `misc_utils.verify_same_elements` tests Đang mở

enhancement

angelolab/ark-analysis#861 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Add Pixie notebook tests that account for non-linear workflows Đang mở

enhancement

angelolab/ark-analysis#995 · 0 bình luận · 0 reaction · 0 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026
Make file path selection more interactive Đang mở

enhancement

angelolab/ark-analysis#1029 · 0 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao · Lập chỉ mục 13/9/2026

angelolab

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn