angelolab / angelolab/toffy

QC TMA feature specification

Đang mở
#438 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
bug
Ngôn ngữ chính
Jupyter Notebook
Star
17
Fork
3
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

*Please refer to our [FAQ](https://ark-analysis.readthedocs.io/en/latest/_rtd/faq.html) and look at our [known issues](https://github.com/angelolab/ark-analysis/issues) before opening a bug report.*

**Describe the bug**
The user specified `qc_metrics` argument in the QC tma notebook doesn't do anything.
Currently if you just set `qc_metrics = ["Non-zero mean intensity"]`, output files are also still generated for the nonzero_mean and 99.9% percentile.

**Expected behavior**
The notebook should only generate stat files for the listed metrics.

**To Reproduce**
Run the notebook set for a single qc metric.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.