angelolab / angelolab/TNBC_python_scripts

Update `validate_panel` normalization method to use cohort-wide constants per channel

Đang mở
#48 0 bình luận 0 reaction 1 người được giao Được @alex-l-kong nhận Xem trên GitHub
bug
Ngôn ngữ chính
Python
Star
3
Fork
0
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

**Describe the bug**

Currently, the `validate_panel` function normalizes each channel separately based on its own 99.9% value. This will accentuate noise for very dim images, which leads to undesirable images.

**Expected behavior**

The normalization value needs to reflect the cohort as a whole, and not just on an individual level. To address, figure out what the best constants to use for each channel are, and use that to normalize all images across a cohort or sub-cohort.

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.