angelolab / angelolab/TNBC_python_scripts
Update `validate_panel` normalization method to use cohort-wide constants per channel
Đang mở
bug
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 3
- Fork
- 0
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
**Describe the bug**
Currently, the `validate_panel` function normalizes each channel separately based on its own 99.9% value. This will accentuate noise for very dim images, which leads to undesirable images.
**Expected behavior**
The normalization value needs to reflect the cohort as a whole, and not just on an individual level. To address, figure out what the best constants to use for each channel are, and use that to normalize all images across a cohort or sub-cohort.
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Đánh giá
Issue này chưa được đánh giá.