angelolab / angelolab/TNBC_python_scripts

Update `validate_panel` normalization method to use cohort-wide constants per channel

Ouverte
#48 0 commentaires 0 réactions 1 personne assignée Réclamée par @alex-l-kong Voir sur GitHub
bug
Langage dominant
Python
Étoiles
3
Forks
0
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

**Describe the bug**

Currently, the `validate_panel` function normalizes each channel separately based on its own 99.9% value. This will accentuate noise for very dim images, which leads to undesirable images.

**Expected behavior**

The normalization value needs to reflect the cohort as a whole, and not just on an individual level. To address, figure out what the best constants to use for each channel are, and use that to normalize all images across a cohort or sub-cohort.

Guide de contribution

Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt

Évaluation

Cette issue n'a pas encore été évaluée.

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.