angelolab / angelolab/Nimbus-Inference

Product backlog

Đang mở
#1 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
enhancement
Ngôn ngữ chính
Python
Star
45
Fork
9
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

### Description of feature

## Nimbus inference repo
- [x] Convert weights from tf to torch with [ivy](https://github.com/unifyai/ivy)
- [x] #27

## Nimbus inference class
- [x] Adapt from class from [Nimbus repo](https://github.com/angelolab/Nimbus/blob/main/src/cell_classification/inference.py)
- [x] Add tile & stitch inference
- [x] Add different data source structures (i.e. ome-tiff directories)
- [x] Add inference notebook comparable to [this one](https://github.com/angelolab/Nimbus/blob/main/templates/1_Nimbus_Predict.ipynb)
- [ ] Add easy-to-use and hackable commandline interface
- [x] Change user input half-resolution to the actual magnification level of the images and fix type casting mentioned in #26.

## Viewer Widget
- [x] Add viewer widget from [here](https://github.com/angelolab/Nimbus/blob/main/src/cell_classification/viewer_widget.py)
- [x] Make viewer widget work with less than three channels
- [x] Build a second viewer widget with channels on the left, instance map on the right and all cells gray except the one we're interested in in white.
- [x] Adapt the viewer to show marker images and gold-standard groundtruth next to each other

## General project
- [x] Make the data available (EMBL)
- [x] Clean up plot notebooks
- [x] Update the documentation and the pypi distribution

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.