Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
Data preparation for MAISI tutorial is wrong for non-RAS data
Personne n'a encore pris cette issue.
- Langage dominant
- Jupyter Notebook
- Étoiles
- 2.5k
- Forks
- 803
- Merge moyen
- 6 j 22 h
- PR mergées (30 j)
- 3
Description
In the data preparation, the plain_transforms uses monai.transforms.Orientationd(keys="image", axcodes="RAS"), to reorient the image, but the new dimension is set using plain_transforms({"image": os.path.join(args.data_base_dir, filepath)})["image"].meta["dim"][_i] which has the original dimension, not the new dimension.
Guide de contribution
Ouvrir le guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Piste de recherche
Commencez dans generation/maisi/scripts/diff_model_create_training_data.py, autour de la ligne 199, et examinez comment plain_transforms réoriente les images qui ne sont pas RAS avant que la dimension soit enregistrée. Vérifiez que la dimension utilisée pour la préparation des données d’entraînement reflète l’image réorientée, puis exécutez les vérifications de préparation des données disponibles dans le tutoriel afin de confirmer que les entrées qui ne sont pas RAS produisent des dimensions correctes.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- python
- Domaine
- machine-learning
- Type d'issue
- Bug
- Difficulté
- 3/5
- Temps estimé
- 1-2 jours
- Activité
- À l'abandon
- Clarté
- Clairement spécifiée
- Accessibilité débutants
- 55/100