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Data preparation for MAISI tutorial is wrong for non-RAS data
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- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 2.5k
- Fork
- 803
- Merge medio
- 6g 22h
- PR unite (30g)
- 3
Descrizione
In the data preparation, the plain_transforms uses monai.transforms.Orientationd(keys="image", axcodes="RAS"), to reorient the image, but the new dimension is set using plain_transforms({"image": os.path.join(args.data_base_dir, filepath)})["image"].meta["dim"][_i] which has the original dimension, not the new dimension.
Guida per i contributori
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Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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Direzione di ricerca
Inizia da generation/maisi/scripts/diff_model_create_training_data.py, intorno alla riga 199, e verifica come plain_transforms riorienta le immagini non RAS prima che venga registrata la dimensione. Verifica che la dimensione utilizzata per la preparazione dei dati di addestramento rifletta l’immagine riorientata, quindi esegui i controlli di preparazione dei dati disponibili nel tutorial per confermare che gli input non RAS producano dimensioni corrette.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- machine-learning
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Specificata chiaramente
- Idoneità per principianti
- 55/100