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Data preparation for MAISI tutorial is wrong for non-RAS data
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- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 2.5k
- Forks
- 803
- Merge medio
- 6 d 22 h
- PR fusionados (30 d)
- 3
Descripción
In the data preparation, the plain_transforms uses monai.transforms.Orientationd(keys="image", axcodes="RAS"), to reorient the image, but the new dimension is set using plain_transforms({"image": os.path.join(args.data_base_dir, filepath)})["image"].meta["dim"][_i] which has the original dimension, not the new dimension.
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comienza en generation/maisi/scripts/diff_model_create_training_data.py alrededor de la línea 199 e inspecciona cómo plain_transforms reorienta las imágenes que no son RAS antes de registrar la dimensión. Verifica que la dimensión utilizada para la preparación de los datos de entrenamiento refleje la imagen reorientada y, a continuación, ejecuta las comprobaciones de preparación de datos disponibles en el tutorial para confirmar que las entradas que no son RAS producen dimensiones correctas.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- python
- Área
- machine-learning
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bien especificado
- Aptitud para principiantes
- 55/100