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Auto3DSeg BundleGen clobbers existing bundles

オープン
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enhancement
主要言語
Jupyter Notebook
スター
2.5k
フォーク
803
平均マージ
6日 22時間
マージ済み PR(30日)
3

説明

Problem
I just discovered the hard way that BundleGen completely clobbers existing bundles, not only overwriting files, but deleting files it does not write (like training output).

Desired solution
It would be nice to have a clobber=True kind of option, where the default would be to give a warning that the bundle directory already exists.

Example code
Here are the relevant parts of what I ran:

from monai.apps.auto3dseg import BundleGen


bundle_generator = BundleGen(
    algo_path=work_dir,
    data_stats_filename=datastats_file,
    data_src_cfg_name=input_yaml,
)

bundle_generator.generate(work_dir, num_fold=5)

コントリビューションガイド

コントリビューションガイドを開く

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

まず Auto3DSeg BundleGen の実装と、そのエントリーポイント generate(work_dir, num_fold=5) を見つけます。無関係なトレーニング出力を含む既存のバンドルディレクトリで問題を再現し、デフォルトの処理では削除せずに警告が表示されること、また明示的な clobber の動作と区別できることを確認します。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
python
領域
machine-learning
issue の種類
バグ
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
35/100

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