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Auto3DSeg BundleGen clobbers existing bundles

Offen
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enhancement
Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
2.5k
Forks
803
Ø Merge
6 T. 22 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
3

Beschreibung

Problem
I just discovered the hard way that BundleGen completely clobbers existing bundles, not only overwriting files, but deleting files it does not write (like training output).

Desired solution
It would be nice to have a clobber=True kind of option, where the default would be to give a warning that the bundle directory already exists.

Example code
Here are the relevant parts of what I ran:

from monai.apps.auto3dseg import BundleGen


bundle_generator = BundleGen(
    algo_path=work_dir,
    data_stats_filename=datastats_file,
    data_src_cfg_name=input_yaml,
)

bundle_generator.generate(work_dir, num_fold=5)

Beitragsleitfaden

Beitragsleitfaden öffnen

Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne damit, die Auto3DSeg BundleGen-Implementierung und ihren Einstiegspunkt generate(work_dir, num_fold=5) zu finden. Reproduziere das Problem mit einem vorhandenen Bundle-Verzeichnis, das nicht zugehörige Trainingsausgaben enthält, und überprüfe anschließend, dass die Standardbehandlung warnt, anstatt es zu löschen, und dass sich das explizite Clobber-Verhalten unterscheiden lässt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
python
Bereich
machine-learning
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
35/100

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