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Auto3DSeg BundleGen clobbers existing bundles
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- Vorherrschende Sprache
- Jupyter Notebook
- Sterne
- 2.5k
- Forks
- 803
- Ø Merge
- 6 T. 22 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 3
Beschreibung
Problem
I just discovered the hard way that BundleGen completely clobbers existing bundles, not only overwriting files, but deleting files it does not write (like training output).
Desired solution
It would be nice to have a clobber=True kind of option, where the default would be to give a warning that the bundle directory already exists.
Example code
Here are the relevant parts of what I ran:
from monai.apps.auto3dseg import BundleGen
bundle_generator = BundleGen(
algo_path=work_dir,
data_stats_filename=datastats_file,
data_src_cfg_name=input_yaml,
)
bundle_generator.generate(work_dir, num_fold=5)
Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne damit, die Auto3DSeg BundleGen-Implementierung und ihren Einstiegspunkt generate(work_dir, num_fold=5) zu finden. Reproduziere das Problem mit einem vorhandenen Bundle-Verzeichnis, das nicht zugehörige Trainingsausgaben enthält, und überprüfe anschließend, dass die Standardbehandlung warnt, anstatt es zu löschen, und dass sich das explizite Clobber-Verhalten unterscheiden lässt.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- python
- Bereich
- machine-learning
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Größtenteils klar
- Anfängerfreundlichkeit
- 35/100