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Auto3DSeg BundleGen clobbers existing bundles
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- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 2.5k
- Forks
- 803
- Merge medio
- 6 d 22 h
- PR fusionados (30 d)
- 3
Descripción
Problem
I just discovered the hard way that BundleGen completely clobbers existing bundles, not only overwriting files, but deleting files it does not write (like training output).
Desired solution
It would be nice to have a clobber=True kind of option, where the default would be to give a warning that the bundle directory already exists.
Example code
Here are the relevant parts of what I ran:
from monai.apps.auto3dseg import BundleGen
bundle_generator = BundleGen(
algo_path=work_dir,
data_stats_filename=datastats_file,
data_src_cfg_name=input_yaml,
)
bundle_generator.generate(work_dir, num_fold=5)
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Comienza localizando la implementación de Auto3DSeg BundleGen y su punto de entrada generate(work_dir, num_fold=5). Reproduce el problema con un directorio de bundle existente que contenga resultados de entrenamiento no relacionados y, a continuación, verifica que el comportamiento predeterminado emita una advertencia en lugar de eliminarlo y que el comportamiento de clobber explícito se pueda distinguir.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- python
- Área
- machine-learning
- Tipo de issue
- Error
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 35/100