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Auto3DSeg BundleGen clobbers existing bundles

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enhancement
Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
2.5k
Fork
803
Merge medio
6g 22h
PR unite (30g)
3

Descrizione

Problem
I just discovered the hard way that BundleGen completely clobbers existing bundles, not only overwriting files, but deleting files it does not write (like training output).

Desired solution
It would be nice to have a clobber=True kind of option, where the default would be to give a warning that the bundle directory already exists.

Example code
Here are the relevant parts of what I ran:

from monai.apps.auto3dseg import BundleGen


bundle_generator = BundleGen(
    algo_path=work_dir,
    data_stats_filename=datastats_file,
    data_src_cfg_name=input_yaml,
)

bundle_generator.generate(work_dir, num_fold=5)

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia individuando l’implementazione di Auto3DSeg BundleGen e il relativo punto di ingresso generate(work_dir, num_fold=5). Riproduci il problema con una directory bundle esistente contenente output di addestramento non correlato, quindi verifica che la gestione predefinita mostri un avviso invece di eliminarla e che il comportamento di clobber esplicito sia distinguibile.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python
Ambito
machine-learning
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
35/100

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