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numpy.linalg.LinAlgError: Matrix is not positive definite
Personne n'a encore pris cette issue.
- Langage dominant
- Jupyter Notebook
- Étoiles
- 2.5k
- Forks
- 803
- Merge moyen
- 6 j 22 h
- PR mergées (30 j)
- 3
Description
what is this error about? I am getting this error while performing resampling over skull-striped MRI. the code is following:
import monai
import numpy as np
from monai.transforms import LoadImage, Spacing, Compose
# Set the file path to your medical image
image_file_path = r"D:\dataset\01_brainMaskedByDL.nii"
# Use MONAI's LoadImage transform to load the image
loader = LoadImage(image_only=True)
image = loader(image_file_path)
# Print information about the original image
print("Original image shape:", image.shape)
# print("Original image spacing:", loader.metadata["spacing"])
# Set the target spacing for reslicing along the axial dimension
target_spacing = (1.5, 1.5, 3.0) # Adjust these values according to your requirements
# Use MONAI's Spacing transform for reslicing
reslicer = Spacing(target_spacing, mode="bilinear")
resliced_image = reslicer(image)
# Print information about the resliced image
print("Resliced image shape:", resliced_image.shape)
# print("Resliced image spacing:", reslicer.metadata["spacing"])
# Optionally, you can visualize the original and resliced images
import matplotlib.pyplot as plt
# Plot a single slice from the axial dimension for both the original and resliced images
original_slice = image[image.shape[0] // 2, :, :]
resliced_slice = resliced_image[resliced_image.shape[0] // 2, :, :]
plt.subplot(1, 2, 1)
plt.imshow(original_slice, cmap="gray")
plt.title("Original Image (Axial Slice)")
plt.subplot(1, 2, 2)
plt.imshow(resliced_slice, cmap="gray")
plt.title("Resliced Image (Axial Slice)")
plt.show()
Guide de contribution
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Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Piste de recherche
Commencez par reproduire le script Python fourni avec le MRI de référence dont le crâne a été retiré et examinez l’échec lors de la transformation Spacing de MONAI. Lisez les points d’entrée LoadImage et Spacing et déterminez quelle entrée ou condition de rééchantillonnage produit le LinAlgError ; le travail est terminé lorsque vous expliquez la cause et identifiez une résolution vérifiée.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- numpy, python
- Domaine
- computer-vision
- Type d'issue
- Bug
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Activité
- À l'abandon
- Clarté
- À clarifier
- Accessibilité débutants
- 25/100