Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
numpy.linalg.LinAlgError: Matrix is not positive definite
Nessuno ha ancora preso questa issue.
- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 2.5k
- Fork
- 803
- Merge medio
- 6g 22h
- PR unite (30g)
- 3
Descrizione
what is this error about? I am getting this error while performing resampling over skull-striped MRI. the code is following:
import monai
import numpy as np
from monai.transforms import LoadImage, Spacing, Compose
# Set the file path to your medical image
image_file_path = r"D:\dataset\01_brainMaskedByDL.nii"
# Use MONAI's LoadImage transform to load the image
loader = LoadImage(image_only=True)
image = loader(image_file_path)
# Print information about the original image
print("Original image shape:", image.shape)
# print("Original image spacing:", loader.metadata["spacing"])
# Set the target spacing for reslicing along the axial dimension
target_spacing = (1.5, 1.5, 3.0) # Adjust these values according to your requirements
# Use MONAI's Spacing transform for reslicing
reslicer = Spacing(target_spacing, mode="bilinear")
resliced_image = reslicer(image)
# Print information about the resliced image
print("Resliced image shape:", resliced_image.shape)
# print("Resliced image spacing:", reslicer.metadata["spacing"])
# Optionally, you can visualize the original and resliced images
import matplotlib.pyplot as plt
# Plot a single slice from the axial dimension for both the original and resliced images
original_slice = image[image.shape[0] // 2, :, :]
resliced_slice = resliced_image[resliced_image.shape[0] // 2, :, :]
plt.subplot(1, 2, 1)
plt.imshow(original_slice, cmap="gray")
plt.title("Original Image (Axial Slice)")
plt.subplot(1, 2, 2)
plt.imshow(resliced_slice, cmap="gray")
plt.title("Resliced Image (Axial Slice)")
plt.show()
Guida per i contributori
Apri la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia riproducendo lo script Python fornito con il MRI di riferimento privato del cranio e analizza il fallimento durante la trasformazione Spacing di MONAI. Leggi i punti di ingresso LoadImage e Spacing e determina quale input o condizione di ricampionamento produce il LinAlgError; il lavoro è completato quando spieghi la causa e identifichi una risoluzione verificata.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- numpy, python
- Ambito
- computer-vision
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Da chiarire
- Idoneità per principianti
- 25/100