Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials

numpy.linalg.LinAlgError: Matrix is not positive definite

Aperta
#1,629 2 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
2.5k
Fork
803
Merge medio
6g 22h
PR unite (30g)
3

Descrizione

what is this error about? I am getting this error while performing resampling over skull-striped MRI. the code is following:

import monai
import numpy as np
from monai.transforms import LoadImage, Spacing, Compose

# Set the file path to your medical image
image_file_path = r"D:\dataset\01_brainMaskedByDL.nii"

# Use MONAI's LoadImage transform to load the image
loader = LoadImage(image_only=True)
image = loader(image_file_path)

# Print information about the original image
print("Original image shape:", image.shape)
# print("Original image spacing:", loader.metadata["spacing"])


# Set the target spacing for reslicing along the axial dimension
target_spacing = (1.5, 1.5, 3.0)  # Adjust these values according to your requirements

# Use MONAI's Spacing transform for reslicing
reslicer = Spacing(target_spacing, mode="bilinear")
resliced_image = reslicer(image)

# Print information about the resliced image
print("Resliced image shape:", resliced_image.shape)
# print("Resliced image spacing:", reslicer.metadata["spacing"])

# Optionally, you can visualize the original and resliced images
import matplotlib.pyplot as plt

# Plot a single slice from the axial dimension for both the original and resliced images
original_slice = image[image.shape[0] // 2, :, :]
resliced_slice = resliced_image[resliced_image.shape[0] // 2, :, :]

plt.subplot(1, 2, 1)
plt.imshow(original_slice, cmap="gray")
plt.title("Original Image (Axial Slice)")

plt.subplot(1, 2, 2)
plt.imshow(resliced_slice, cmap="gray")
plt.title("Resliced Image (Axial Slice)")

plt.show()

Guida per i contributori

Apri la guida per i contributori

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia riproducendo lo script Python fornito con il MRI di riferimento privato del cranio e analizza il fallimento durante la trasformazione Spacing di MONAI. Leggi i punti di ingresso LoadImage e Spacing e determina quale input o condizione di ricampionamento produce il LinAlgError; il lavoro è completato quando spieghi la causa e identifichi una risoluzione verificata.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
numpy, python
Ambito
computer-vision
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
25/100

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.