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numpy.linalg.LinAlgError: Matrix is not positive definite

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Lenguaje dominante
Jupyter Notebook
Estrellas
2.5k
Forks
803
Merge medio
6 d 22 h
PR fusionados (30 d)
3

Descripción

what is this error about? I am getting this error while performing resampling over skull-striped MRI. the code is following:

import monai
import numpy as np
from monai.transforms import LoadImage, Spacing, Compose

# Set the file path to your medical image
image_file_path = r"D:\dataset\01_brainMaskedByDL.nii"

# Use MONAI's LoadImage transform to load the image
loader = LoadImage(image_only=True)
image = loader(image_file_path)

# Print information about the original image
print("Original image shape:", image.shape)
# print("Original image spacing:", loader.metadata["spacing"])


# Set the target spacing for reslicing along the axial dimension
target_spacing = (1.5, 1.5, 3.0)  # Adjust these values according to your requirements

# Use MONAI's Spacing transform for reslicing
reslicer = Spacing(target_spacing, mode="bilinear")
resliced_image = reslicer(image)

# Print information about the resliced image
print("Resliced image shape:", resliced_image.shape)
# print("Resliced image spacing:", reslicer.metadata["spacing"])

# Optionally, you can visualize the original and resliced images
import matplotlib.pyplot as plt

# Plot a single slice from the axial dimension for both the original and resliced images
original_slice = image[image.shape[0] // 2, :, :]
resliced_slice = resliced_image[resliced_image.shape[0] // 2, :, :]

plt.subplot(1, 2, 1)
plt.imshow(original_slice, cmap="gray")
plt.title("Original Image (Axial Slice)")

plt.subplot(1, 2, 2)
plt.imshow(resliced_slice, cmap="gray")
plt.title("Resliced Image (Axial Slice)")

plt.show()

Guía de contribución

Abrir la guía de contribución

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

Línea de trabajo

Comienza reproduciendo el script de Python proporcionado con el MRI de referencia al que se le ha eliminado el cráneo e inspecciona el fallo durante la transformación Spacing de MONAI. Lee los puntos de entrada LoadImage y Spacing y determina qué entrada o condición de remuestreo produce el LinAlgError; se considera terminado cuando expliques la causa e identifiques una resolución verificada.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Evaluación

Stack tecnológico
numpy, python
Área
computer-vision
Tipo de issue
Error
Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Estado de actividad
Estancado
Claridad
Necesita aclaración
Aptitud para principiantes
25/100

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