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numpy.linalg.LinAlgError: Matrix is not positive definite
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- Vorherrschende Sprache
- Jupyter Notebook
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- 2.5k
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- 803
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- 6 T. 22 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 3
Beschreibung
what is this error about? I am getting this error while performing resampling over skull-striped MRI. the code is following:
import monai
import numpy as np
from monai.transforms import LoadImage, Spacing, Compose
# Set the file path to your medical image
image_file_path = r"D:\dataset\01_brainMaskedByDL.nii"
# Use MONAI's LoadImage transform to load the image
loader = LoadImage(image_only=True)
image = loader(image_file_path)
# Print information about the original image
print("Original image shape:", image.shape)
# print("Original image spacing:", loader.metadata["spacing"])
# Set the target spacing for reslicing along the axial dimension
target_spacing = (1.5, 1.5, 3.0) # Adjust these values according to your requirements
# Use MONAI's Spacing transform for reslicing
reslicer = Spacing(target_spacing, mode="bilinear")
resliced_image = reslicer(image)
# Print information about the resliced image
print("Resliced image shape:", resliced_image.shape)
# print("Resliced image spacing:", reslicer.metadata["spacing"])
# Optionally, you can visualize the original and resliced images
import matplotlib.pyplot as plt
# Plot a single slice from the axial dimension for both the original and resliced images
original_slice = image[image.shape[0] // 2, :, :]
resliced_slice = resliced_image[resliced_image.shape[0] // 2, :, :]
plt.subplot(1, 2, 1)
plt.imshow(original_slice, cmap="gray")
plt.title("Original Image (Axial Slice)")
plt.subplot(1, 2, 2)
plt.imshow(resliced_slice, cmap="gray")
plt.title("Resliced Image (Axial Slice)")
plt.show()
Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Beginne damit, das bereitgestellte Python-Skript mit dem referenzierten schädelknochenbereinigten MRI zu reproduzieren und den Fehler während der MONAI Spacing-Transformation zu untersuchen. Lies die Einstiegspunkte LoadImage und Spacing und ermittle, welche Eingabe oder Resampling-Bedingung den LinAlgError verursacht; abgeschlossen ist die Aufgabe, wenn du die Ursache erklärst und eine verifizierte Lösung identifizierst.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- numpy, python
- Bereich
- computer-vision
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Anfängerfreundlichkeit
- 25/100