PEtab-dev/libpetab-python

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Python package for working with PEtab files

Sterne: 18
Forks: 9
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 43

Vorherrschende Sprache: Python
Lizenz: MIT
Letzter GitHub-Push: 07.9.2026
Zuletzt indexiert: 20.9.2026
Beitragsleitfaden: Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: Keine Anfänger-Labels indexiert
PR-Merge-Kennzahlen: Keine gemergten PRs in 30 T.

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Bisher 43 offene Issues indexiert

Improve model abstractions Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#518 · Erstellt am 07.9.2026
Mapping table contributions to parameter table validation (SciML use case) Offen

validation

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#494 · 1 Kommentar · Erstellt am 26.6.2026
Support for discrete noise distributions Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#466 · Erstellt am 03.12.2025
Add CLI for petab v1->v2 conversion Offen

enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#453 · Erstellt am 29.10.2025
Add goodness-of-fit and residual plots to visualization examples Offen

documentation

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#439 · Erstellt am 19.9.2025
API for renaming PEtab entities Offen

enhancement

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#438 · Erstellt am 19.9.2025
Remove `v2.Problem.*_df` Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#409 · Erstellt am 21.7.2025
v2: Visualization functions Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#398 · Erstellt am 02.7.2025
Document release process Offen

documentation

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#396 · Erstellt am 02.7.2025
v2: Handle multi-model problems Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#392 · 2 Kommentare · Erstellt am 05.6.2025
v2: Update validator Offen

validation

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#369 · Erstellt am 28.3.2025
antlr runtime version Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

PEtab-dev/libpetab-python#344 · 4 Kommentare · Erstellt am 18.12.2024
`flatten_timepoint_specific_output_overrides` should not do anything if there are no timepoint-specific output parameters Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#314 · Erstellt am 17.10.2024
Add functionality for computing posteriors Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#312 · 2 Reaktionen · Erstellt am 15.10.2024
Refactor priors Offen

enhancement

PEtab-dev/libpetab-python#311 · 2 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 15.10.2024
Feature to automate handling of replicate data Offen

PEtab-dev/libpetab-python#310 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 08.10.2024
PEtab Simulator update_parameters Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#305 · 2 Reaktionen · Erstellt am 15.8.2024
Replace individual dataframe arguments by Problem objects Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#301 · 1 Reaktion · Erstellt am 02.7.2024
v2 validation: atomize checks Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#289 · 1 Reaktion · Erstellt am 29.6.2024
Integration of extensions Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#273 · 2 Kommentare · Erstellt am 25.6.2024
composite problem Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#265 · 4 Kommentare · Erstellt am 02.6.2024
Wrong plot_goodness_of_fit if different order of rows in measurement_df and simulation_df Offen

bug visualization

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#247 · 1 Kommentar · 2 Reaktionen · Erstellt am 27.2.2024
Validator does not check for required column `noiseFormula` in observables table Offen

validation

PEtab-dev/libpetab-python#219 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 25.7.2023
Improve error handling in Problem.from_yaml - parameter_file Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 48/100

PEtab-dev/libpetab-python#218 · Erstellt am 25.7.2023
Improve error handling in Problem.from_yaml - format_version Offen

validation

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#217 · Erstellt am 25.7.2023
petab.get_model_for_condition may remove rateRules where it shouldn't Offen

bug

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#197 · Erstellt am 17.4.2023
Validator: Add option to warn about unused / non-standard columns Offen

enhancement validation

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#128 · Erstellt am 22.4.2022
Python API for linter Offen

enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#35 · 2 Kommentare · Erstellt am 16.2.2021
False positive invalid condition ID. Offen

PEtab-dev/libpetab-python#366 · 6 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 20.10.2020
single objectivePriorParameters are cast to numpy.float64 Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#27 · 7 Kommentare · Erstellt am 27.8.2020
writer functions do not perform sanity checks + use misleading options for writing tsv Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#26 · 11 Kommentare · Erstellt am 24.8.2020
Should unspecified optional strings be the empty string or NaN? Offen

question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#25 · 4 Kommentare · Erstellt am 18.6.2020
Visualization of measurements without condition table and visualization table Offen

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#22 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 13.5.2020
Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically Offen

visualization

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#21 · 2 Kommentare · Erstellt am 21.4.2020
consistent coloring of legend entries across plots Offen

visualization

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

PEtab-dev/libpetab-python#18 · 1 Kommentar · Erstellt am 21.2.2020
xOffset for logscale xValues Offen

question visualization

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#17 · 1 Kommentar · Erstellt am 21.2.2020
BarPlots ignore xValues Offen

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#16 · 6 Kommentare · 2 zugewiesene Personen · Erstellt am 21.2.2020
Parallelize plotting for large amounts of subplots (saved to files) Offen

visualization

PEtab-dev/libpetab-python#11 · 1 Reaktion · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 24.1.2020
Implement validation CompositeProblem Offen

validation

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#9 · Erstellt am 16.12.2019
Add function to create joint parameter table from multiple models and measurement files Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

PEtab-dev/libpetab-python#5 · 1 Kommentar · Erstellt am 16.12.2019
Add: Allow plotting by observableID & simCondID at the same time Offen

visualization

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

PEtab-dev/libpetab-python#4 · Erstellt am 30.9.2019
add: plotting STD if the column noiseParameter has values and no replicates available Offen

visualization

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#3 · 1 Kommentar · Erstellt am 20.8.2019
add case in visualization routine: in measurementData file, if same simulationConditionId, but differing preequilibrationId etc. Offen

visualization

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

PEtab-dev/libpetab-python#2 · Erstellt am 05.7.2019

PEtab-dev/libpetab-python

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