PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python

False positive invalid condition ID.

Offen
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@dilpath arbeitet bereits daran.

Seit 10.11.2020.

Vorherrschende Sprache
Python
Sterne
18
Forks
9
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

Which problem would you like to address? Please describe.
Linting complains about invalid condition IDs. I believe the error is due to the fact that the condition id is numeric only. Ideally the error would be a bit more informative what the actual issue is with the condition ID.

Describe the solution you would like
Change the spec to be more accurate about identifier restrictions or change linting to be more permissive about identifiers.

Describe alternatives you have considered
Don't use numbers in identifiers.

Additional context
Can be checked via check_condition_df(pd.DataFrame({petab.CONDITION_ID: ['0']}).set_index(petab.CONDITION_ID), None).

Not sure how much sense it makes to print line numbers when operating with a DataFrame.

Typehints in check_condition_df are inconsistent with the function signature, i.e., sbml_model is not and optional argument.

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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